写在前面
在微生物生态学领域,经常用的mantel检验,原理来讲,很是简单,就是一个距离矩阵的相关分析而已,但是这层窗户纸似乎存在很长时间,大家都对这个分析的原理有些忌惮,所以今天就之前的文档,来告诉大家如何理解mantel并且在一些文章中的运用做一个解释。
数据框—矩阵—距离矩阵
这三个数据类型类似,但是在R语言中是区分的,我们要做一个了解:
注意,距离矩阵是只有左下方一半的对角阵。
#数据框
data.frame()
as.data.frame()
# 矩阵
matrix()
as.matrix()
# 距离矩阵
dist()
as.dist()mantel检验的原理
mantel检验在生态中运用的十分多,尤其是在微生物群落和环境因子之间关系的检验上:
。
mantel检验是Mantel’s 在1967年提出来的,基于回归分析。
使用相似性距离或者相异性距离矩阵来做双向检验。