rdkit GetAtoms获取化合物每个位置的索引、GetAtomWithIdx；rdkit FindMCS大公共相同结构 找不同化合物之间的差异

已于 2022-11-23 10:08:09 修改
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分类专栏： CADD/AIDD 文章标签： rdkit
于 2022-11-05 19:26:05 首次发布
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使用rdkit，通过GetAtomWithIdx和GetSymbol获取化合物中每个位置的原子索引和元素信息，结合IPythonConsole.drawOptions实现可视化。同时，利用rdFMCS函数寻找不同化合物之间的最大公共相同结构，进行差异对比。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1、rdkit 获取化合物每个位置的索引

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import Draw

##正常效果是没有的
mol = Chem.MolFromSmiles("C1CC2=C3C(=CC=C2)C(=CN3C1)[C@H]4[C@@H](C(=O)NC4=O)C5=CNC6=CC=CC=C65")
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