r语言热图对列不进行聚类_【方法介绍】利用R语言绘制热图

最新推荐文章于 2023-11-18 10:39:42 发布
最新推荐文章于 2023-11-18 10:39:42 发布
阅读量4.8k 收藏 6
点赞数 1
文章标签： r语言热图对列不进行聚类
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42389522/article/details/112350066
版权
58c5d45ce29e7e9b3ebcea4062ac9631.png 65850ee16bb941f21af2a1f9762da539.png 65850ee16bb941f21af2a1f9762da539.png

About 热图

热图是在科研论文中很受欢迎，主要有以下原因：第一，热图表达数据具有视觉冲击力。第二，热图可以直观地展示实验数据的分布特点以及差异性。除此之外，热图还可以对实验数据进行聚类，以便于进行更深入的分析。在这里，我们将使用R语言简单展示热图的绘制方法(例图如下)。

bfb9d22f121f2c3b50e62417af5bb8a1.png

01

绘图前的准备

此次画图使用的软件版本是R i386 3.6.2

在绘图之前要在软件中安装pheatma

最低0.47元/天 解锁文章
Gemininadal
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 6
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
r语言热图对列不进行聚类_R语言制作热图的一个小实例
weixin_39761647的博客
01-04 626
生信草堂浙大生信博士团队倾力打造的一个科研人员学习交流的公众微信平台。我们致力于科研社区服务，分享最前沿的科技进展，提供生信分析方法，解读经典分析案例，公众数据库的挖掘和临床数据统计分析。在此我们欢迎各位的加入！戳这里的生信草堂公众号原文，请多关注哦~热图(heatmap)用不同的颜色和颜色的深浅来展示数据之间的差异，直观、美丽、大方，深受科研工作者的喜爱，尤其是转录组类的文章里，几...
r语言热图对列不进行聚类_不用R语言，学会这两招，科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制...
weixin_39699070的博客
12-21 438
想必大家对聚类热图 Heatmap并不陌生，聚类热图是我们展示基因芯片或测序结果比较常用的方式，可以直观地反映样品间的相似程度。根据基因在各个样本中的表达量绘制的聚类热图，用颜色深浅来代表基因表达量高低。目前绘制热图的工具很多，像MATLAB 、MeV (Multiple ExperimentViewer)、GraphPad Prism、R 语言的 Heatmap等等。今天介绍两种简单的工具 ——...
DCIC-A城市巡游车与网约车运营特征对比分析-任务1
weixin_43041009的博客
09-08 530
一、背景 赛题说明： 出租车作为城市客运交通系统的重要组成部分，以高效、便捷、灵活等优点深受居民青睐。出租车每天的运营中会产生大量的上下车点位相关信息，对这些数据进行科学合理的关联和挖掘，对比在工作日以及休息日、节假日的出租车数据的空间分布及其动态变化，对出租车候车泊位、管理调度和居民通勤特征的研究具有重要意义。 出租车/网约车：上下车地点挖掘； 出租车/网约车：不同日期的空间变化； 出租车/网约车：泊车和调度问题； 赛题任务： 根据赛事方提供的出租车（包括巡游车和网约车）GPS和订单数据 一综合应用
r语言中which的使用_R语言绘图 | 使用pheatmap快速绘制热图
weixin_39565332的博客
11-19 555
欢迎关注微信公众号“生信小王子”！热图是我们展示数据时常用的图形，今天小编教大家使用"pheatmap" 快速绘制热图。首先，我们需要准备输入文件。比如，我想绘制热图来比较30个基因在6个组织里的表达情况。如图所示，第一列为基因名，第一行为不同组织的名称，整理好后保存为制表符分隔的txt格式，准备好输入文件后我们就可以开始绘制热图啦。## 安装R包 install.packages("pheatm...
r语言热图对列不进行聚类_R语言 Pheatmap 画非聚类 热图
weixin_39575775的博客
12-21 546
python pandas 加 R Pheatmap 画非聚类热图最近需求一个需求图f9cb530a4fb553c2f42fd8f157cd451.png上面的annotation部分用作临床注释，下面显示Gene 出现的频次。不多说直接上代码。#Encoding:utf8library(pheatmap)file file2 = "C:/Users/qy/Desktop/data4.csv"首先...
origin聚类热图app
10-13
适用于在origin中一键绘制聚类热图
Origin 聚类热图插件
01-05
可以用于金融、股票房地产等所有需要应用聚类分析的工作
用R绘制热图.docx
03-15
R语言提供了绘制热图的功能，本文将详细介绍如何使用R绘制热图。 title: 用R绘制热图 描述：用R绘制热图是指使用R语言创建热图的过程。热图是一种visualization工具，用于展示大规模数据之间的关系和模式。通过...
R语言绘图.pdfR语言绘图.pdf
05-06
本文件主要围绕R语言的绘图功能展开，涵盖了从基础到高级的各种图表绘制技术，以及如何结合其他专业软件进行图片处理和生物信息学分析。以下是相关知识点的详细说明： 1. **R语言绘图基础**： - R语言的绘图功能...
vegan中文教程.pdf
06-02
本教程演示了生态群落数据多元分析R语言程序包vagan的排序分析方法，学习本教程之前您应了解R语言基本语法和群落排序的一般概念.vegan包提供包括非度量多维尺度分析（NMDS）在内的所有基本排序方法。教程也介绍了...
r语言热图对列不进行聚类_微生物群落文章中的热图都有哪些神奇操作？
weixin_33369808的博客
01-04 1810
当前微生物群落研究文章中，热图几乎成为了标配，在物种组成、多样性、功能预测、环境因子等分析内容中都有它的身影，并且样式非常多变。了解它们并用好它们对我们发表高分文章大有益处。这里为大家介绍一些这种图形的独特的分析及绘图参数。热图（HeatMap）是一类由若干个小正方形方格组成的图形，以微生物群落研究中的物种丰度热图为例（如图1），横轴一般为分组/样本信息，纵轴每行都是一个物种，通过方格颜色比较分组...
r语言热图对列不进行聚类_最简单最实用的R语言热图绘制教程
weixin_39888080的博客
12-30 318
作者：生信札记来源：简书准备数据，最简单粗暴的方式，从Excel中复制，此时，这个基因表达矩阵已经存放在电脑的剪切板中，回到R语言运行环境，输入(如果是直接复制下面这行代码，那么注意，复制代码的同时已经替换了剪贴板内容，此时黏贴代码之后不要回车，先回去Excel重新复制表达开矩阵)Exp注意，所有字符都是外文的，如果出错，注意是不是 横杆 在复制代码的时候被转码成 中文的，自己输入就没问题。此时你...
热图2：样品内重复性不好，热图聚不到一起怎么办？
qq_42090739的博客
12-08 4685
还记得之前我们发过的热图吗？ 样品之间聚类的时候发现对照和实验组混合到了一起。这是由于样品一致性差造成的，这种情况很多时候都会遇到。一般的做法是放弃列的聚类。但是我不，很多文章也是，我就想样品聚类。 怎么办？ 让聚类按照样本来，把热图裂开来就可以了。这次使用的还是ComplexHeatmap包。 读入作图数据、并加载包： setwd("D:/生物信息学") A <- read.csv("基因.csv", header = T,row.names = 1) library(Complex
r语言热图对列不进行聚类_初学者R语言：热图基础画法及个性化调整详解
weixin_39863017的博客
12-21 978
热图(Heatmap)：用颜色变化直观的表达数据之间差异的图，是对实验数据进行质制和差异数据的展现，是数据挖掘类文章的标配。Rplot1.jpeg例如上图，每个小方格表示每个基因，其颜色表示该基因表达量大小，表达量越大颜色越深(红色为上调，蓝色为下调)。每行表示每个基因在不同样本中的表达量情况，每列表示每个样品中所有基因的表达量情况。上方树形图表示对来自不同实验分组的不同样品的聚类分析结果Draw...
numpy python zip_numpy:压缩块矩阵
weixin_39945679的博客
12-17 635
我能想到的最直接的方法是将矩阵转换为一维数组，然后为分区组索引X和{}创建相应的数组，尽管可能不是最有效的(尤其是当矩阵很大时)。然后，您可以按分区分组索引分组，最后将矩阵重新构造为其原始形式。在例如，如果矩阵是>>> M1 = np.arange(25).reshape((5,5))>>> M1array([[ 0, 1, 2, 3, 4],[ 5, ...
r语言热图对列不进行聚类_什么是热图以及如何使用R画热图
weixin_35981628的博客
01-16 1072
什么是热图当我有一个二维矩阵，例如：TCGA-97-7938-01ATCGA-55-7574-01ATCGA-05-4250-01ATCGA-95-A4VK-01ATCGA-97-A4M6-01ATSPAN65.207884.414375.875945.048486.7465TNMD-1.82696-6.55213-4.05143-5.51472-3.93795DPM14.47213.9884.9...
R pdf大小_数据可视化 - 热图·R
weixin_39969006的博客
11-19 466
热图（如下图所示），是一种展示样本与差异变量关系的可视化方式，可以通过R/python进行绘制。本文主要分别具体介绍如何使用R实现热图绘制。R绘制热图通常调用R的软件包“pheatmap”来进行热图绘制。# 软件包安装 install.packages("pheatmap") # 热图绘制 # 先准备好一个数据矩阵matrix.csv，行row为变量，列col为样本。 library('phea...
R 数据可视化 —— 聚类热图 pheatmap
最新发布
dxs18459111694的博客
11-18 3627
在前面的章节中，我们介绍了如何使用ggplot2绘制热图ggplot2绘制热图的方式很多，如geom_tile等但通常仅仅绘制热图是不够的，还需要对数据进行聚类，即绘制聚类热图。例如，最常用的就是将差异基因的表达值绘制聚类热图，来查看基因在不同样本中的表达差异情况，或者比较不同聚类分组之间的差异。绘制聚类热图的包有很多，我们主要介绍pheatmap和。
python合并excel相同的名称的商品
yyangcr的博客
10-13 1419
每个月都需要做一次将几个供应商的商品汇总，然后发给他们，他们进行开票，一次有好几家供应商，有多有少。所以还是觉得麻烦 其中一个单位的供应商就有2000多，每个月都要做公式，也麻烦，所以准备用python来实现 import xlwings as xw from SpEntity import SpEntity import xlwings as xw class SpEntity: def __init__(self,name,shuliang,total): ..
已有log2(cpm+1)信息，R语言画基因表达热图，且热图不聚类
06-07
好的，下面是使用R语言绘制基因表达热图且不聚类的步骤： 1. 准备数据 首先，您需要准备一个数据集，包含基因名称和对应的log2(cpm+1)数据。假设您的数据存储在名为"gene_expression.csv"的文件中，您可以使用以下代码将其读入到R中： ``` gene_expression <- read.csv("gene_expression.csv", header = TRUE, row.names = 1) ``` 2. 绘制热图 接下来，您可以使用R语言中的pheatmap包绘制基因表达热图。您可以使用如下代码安装和加载pheatmap包： ``` install.packages("pheatmap") library(pheatmap) ``` 然后，您可以使用以下代码绘制热图： ``` pheatmap(gene_expression, cluster_rows = FALSE, cluster_cols = FALSE, scale = "row", color = colorRampPalette(c("navyblue", "white", "firebrick3"))(100)) ``` 在这个代码中，您需要将gene_expression替换为您的数据集名称。参数cluster_rows和cluster_cols设置为FALSE表示不进行行和列聚类。scale参数设置为"row"表示将每行数据按照行标准化。color参数指定了一个蓝色到白色到红色的颜色映射，其中100表示颜色映射的分辨率。 3. 显示热图 最后，您可以使用以下代码将热图显示在R中： ``` dev.new() ``` 这将创建一个新的图形设备来显示热图。 希望这个回答对您有所帮助！

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值