diamond用法

最新推荐文章于 2025-02-08 15:37:47 发布

马志远的生信笔记

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#diamond makedb --in ECH2.faa -p 20 -d ECH2
#cd /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/genset/raw
#for i in MAG*
#do
#prodigal -i $i -a /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/genset/prodigal/$i.fa -q &
#done
cd /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/genset/prodigal/
#cat *.fa >all.faa
#rm *.fa
#diamond blastp --query all.faa --db /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/genset/ECH2.dmnd --threads 32 --out ECH2.blast --evalue 1e-5 --block-size 10.0 -f 6 -k 1
#hydb=/mnt/database/Hydrogenase/blast/hyddb.all.dmnd
#diamond blastp --query unique.faa --db $hydb --threads 32 --out hydb.blast --evalue 1e-5 --block-size 10.0 -f 6 -k 1
#red=/mnt/database/Hydrogenase/blast/others_combine_database.fa
#hydred=/mnt/database/Hydrogenase/blast/hydred.dmnd
#diamond blastp --query unique.faa --db $hydred --threads 32 --out hydred.blast --evalue 1e-50 --block-size 10.0 -f 6 -k 1
#diamond makedb --in unique.faa -p 32 -d unique
#diamond blastp --query /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/genset/prodigal/all.faa --db /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/genset/unique.dmnd --threads 32 --out unique.blast --evalue 1e-5 --block-size 10.0 -f 6 -k 1
diamond blastp --query all.faa --db /mnt/database/Hydrogenase/blast/hydred.dmnd --threads 32 --out ../hydred.blast --evalue 1e-50 --block-size 10.0 -f 6 -k 1