Amber | 推荐力场类型

最新推荐文章于 2024-12-07 15:10:20 发布
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分类专栏： AIDD | CADD | 化学 | 生物 | 医疗 文章标签： 健康医疗
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43236007/article/details/127884348
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Amber力场提供了多种生物分子的力场参数，包括ff14SB蛋白力场、OL15 DNA力场、OL3 RNA力场、GLYCAM_06j糖类力场、lipid17脂类力场，以及水模型如spc/e、tip4pew和OPC。此外，还包括gaff2力场用于有机小分子，并可按需添加特殊组件。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

• a protein force field (recommended choice is ff14SB)
• a DNA force field (recommended choice is OL15)
• an RNA force field (recommended choice is OL3)
• a carbohydrate force field (recommended choice is GLYCAM_06j)
• a lipid force field (recommended choice is lipid17)
• a water model with associated atomic ions (more variable); popular choices are spc/e, tip4pew, and OPC. Not needed if you are using an implicit solvent model.
• a general force field, for organic molecules like ligands (recommended choice is gaff2)
• other components (such as modified amino acids or nucleotides, other ions), as needed

分子动力学仿真软件：AMBER二次开发_AMBER力场详解
kkchenjj的博客
10-24 1676
AMBER力场的扩展和自定义可以通过编写新的参数文件和力场定义文件来实现。自定义参数文件：编写新的frcmod文件，定义特定分子的参数。自定义力场定义文件：编写新的leaprc文件，定义新的力场和加载指令。假设我们需要自定义一个含有特殊化学基团的小分子的力场参数。可以编写如下frcmod# 自定义frcmod文件BONDCX CY 350.0 1.54 # 定义CX-CY键的力常数和平衡长度ANGLECX CY CZ 50.0 120.0 # 定义CX-CY-CZ键角的力常数和平衡角度DIHE。
分子动力学仿真软件：AMBER_（3）.AMBER力场理论与应用
最新发布
kkchenjj的博客
03-07 772
在分子动力学模拟中，力场（Force Field）是描述分子内和分子间相互作用的一组参数和数学模型。力场的核心是势能函数，它定义了分子系统中每一个可能的构象的能量。通过势能函数，可以计算出分子系统在不同构象下的能量变化，从而推导出分子的动力学行为。AMBER力场是专门为生物分子设计的一组力场参数，广泛应用于蛋白质、核酸、脂质等复杂生物体系的模拟。
django中如何自定义过滤器
weixin_42289273的博客
08-01 385
第一步： 在应用（app）的文件夹下创建一个python的包，包名必须是：templatetags 在该包下面创建一个Python文件，名称可自取名，如图 第二步：在html文件中需要引入该python文件 {% load filters %} 第三步：使用自定义的过滤器 {% if book.id|mod_val:3 %} ...
使用AmberTools24获得Amber力场文件教程
weixin_44873868的博客
11-30 1150
RESP电荷方法，即Kollman等人在其开创性论文《A well-behaved electrostatic potential based method using charge restraints for deriving atomic charges: the RESP model》中提出的技术，是当前最适合用于柔性小分子模拟的电荷模型。通过本教程，您将掌握从Gaussian优化结构到AmberTools计算RESP电荷及力场参数的整个流程，为您的分子模拟提供坚实的基础。
【LAMMPS学习】八、基础知识(4.1)CHARMM、AMBER、COMPASS 和 DREIDING 力场
荷塘阅色
04-22 3387
​ 力场由两部分组成：定义力场的公式和用于特定系统的系数。这里我们只讨论 LAMMPS 中实现的公式，这些公式对应于 CHARMM、AMBER、COMPASS 和 DREIDING 力场中常用的公式。设置系数可以通过read_data 命令从输入数据文件中的特殊部分完成，也可以在输入脚本中使用pair_coeff和bond_coeff等命令完成。请参阅Tools文档页面，了解其他工具，这些工具可以使用 CHARMM、AMBER 或 Materials Studio 生成的文件来分配力场系数并
Amber&parmchk2 | 查找缺失的力场参数
ASKCOS博客
10-25 957
通过计算gaff中两组力场参数的平均绝对误差百分比，生成一对特定力场参数类型的原子类型（‘A/B’）的相似性指数。每个原子类型对（‘A/B’）对于九种不同类型的力场参数具有九个相似性指标，分别是键平衡长度，键拉伸力常数，键平衡角（'A’和’B’是中心原子），键角弯曲力常数（'A’和’B’是中心原子），键平衡角（'A’和’B’是非中心原子），键角弯曲力常数（'A’和’B’是非中心原子），扭转角扭转力常数（'A’和’B’是内侧原子），扭转角扭转力常数（'A’和’B’是外侧原子），二面角不正确。
Amber&antechamber | 创建小分子力场参数文件
ASKCOS博客
10-26 967
这是包中最重要的程序。它可以执行许多文件转换，也可以分配原子电荷和原子类型。根据输入的要求，前厅执行以下程序：sqm（或者，mopac或divcon），atomtype，am1bcc，bondtype，espgen，respgen和prepgen。它通常会生成许多中间文件；这些可以通过他们的名字来识别，其中所有字母都是大写字母。如果您在运行前厅时遇到问题，可能需要运行下面描述的各个程序（以使用选项’-s 2’促进此运行）。创建小分子力场参数文件。
Amber14(含纤维素二糖)力场文件
11-06
`residuetypes.dat` 文件通常包含Amber力场中不同残基类型的信息。在分子动力学模拟中，残基是蛋白质、核酸等大分子的基本组成单元。这个文件会列出每个残基的原子类型、电荷、原子间距离和角度参数，这些参数用于...
分子模拟软件amber_Gromacs联用GAFF力场处理水溶剂下小分子动力学
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12-14 1135
与GROMACS偏重生物大分子模拟的力场不同，AMBER支持很多方便处理有机小分子的力场（详见http://sobereva.com/115），如GAFF力场，简单而又有不错的精度，适合处理有机小分子；这里将介绍用Gaussian计算RESP电荷，交由Amber生成GAFF力场下的拓扑文件，最后用GROMACS模拟的过程。软件版本：AmberTools18，Gromacs 2019-beta-1 ...
使用AMBER跑分子动力学模拟
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12-07 1138
Amber小分子-蛋白复合体分子动力学模拟
分子动力学仿真软件：AMBER二次开发_自定义力场开发
kkchenjj的博客
10-25 1635
力场参数是描述分子系统中各种相互作用的数值，包括键长、键角、二面角、非键相互作用（范德华力和电静力）等。这些参数通常需要从实验数据或高精度的量子化学计算中获取。假设我们需要定义一个C-H键的参数，其中键的力常数kb350k_b = 350kb​350kcal/mol·Å²，平衡键长r01.09r_0 = 1.09r0​1.09Å。# C-H键参数假设我们需要定义一个C-C-H键角的参数，其中键角的力常数ka60k_a = 60ka​60。
纤维多糖分子动力学模拟
weixin_44620047的博客
11-24 1718
参考构建自己想要的多糖模型，得到多糖晶体文件。
分子模拟力场
发呆的比目鱼的博客
05-15 1808
分子模拟力场
基于Gromacs的蛋白质与小分子配体相互作用模拟教程
weixin_44873868的博客
08-03 1230
随后，我们将详细阐述模拟的具体步骤，包括结构准备（如蛋白质结构预测、小分子结构优化等）、相互作用模拟（如分子对接、分子动力学模拟等）以及结果分析（如相互作用能计算、轨迹分析等）。只有在力场的.rtp文件中存在构建块的条目时，拓扑才能自动组装。通过本教程的学习，您将能够掌握从蛋白质与小分子配体的结构准备、相互作用模拟到结果分析的全流程，从而能够自主进行相关的模拟研究。本教程使用的力场为amber14sb.ff，选择默认的水模型TIP3P，然后为封端选择“NH3+”和“COO-”，获得力场文件及完整坐标文件。
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如果你是AMBER的新用户 或对一般的分子动力学模拟毫无了解 可通过此教程入门. 教程简介 这个教程旨在介绍如何使用Amber进行分子动力学模拟，并假设您以前没有使用过Amber. 它专门为想要了解如何运行分子动力学模拟的新用户而设计. Amber简介 1 Amber 简介 AMBER 代表辅助的模型构建和能量精化(Assisted Model Building and Energy Refine...
分子动力学（二）-成键相互作用
weixin_43395957的博客
02-16 7427
分子力场的基本模型 公式中，前一部分三项为成键相互作用 bands为（有键相连的两个原子之间）键长，对应于键伸缩能 angles为（三个原子之间形成）键角的函数， tasians为（用cos函数描述二面角扭转的）扭转角； 后一部分两项为非键相互作用相互作用表示对体系中所有原子的一个遍历， 第一项表示非键相互作用中的范德华作用， 第二项表示静电相互作用 在进行分子动力学时需要面向需求选择合适的力场，对复杂的，精度要求很高而不太关注计算量的情况下使用高精度的分子力...
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10-26 6303
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