Linux安装Diamond软件,Diamond软件比对蛋白质数据库

参考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html    http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny3.html

1. 下载、安装

下载地址：https://github.com/bbuchfink/diamond

$ tar xzf diamond-linux64.tar.gz

2. 使用

建立索引

$ diamond makedb --in nr.faa -d nr

比对：

$ diamond blastx -d nr -q reads.fasta -o matches.m8 --sensitive -b 16.0 -e1e-5

-q：可以是fasta或fastq(可以是压缩的)

--taxonmap ：后接文件，蛋白质accession 号对应的物种id，下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz

--sensitive：比对长片段

--more-sensitive：比对长片段

--outfmt/-f：0 BLAST pairwise format                       5 BLAST XML format

6 BLAST tabular format (默认) ，可以自己设置，与blast+相似，如：--outfmt '6 qseqid qlen sseqid slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids'

默认:               qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore

100 DIAMOND alignment archive (DAA)

101 SAM format

--max-target-seqs/-k：最大比对输出数，默认25，(1，则输出最好的那个)

--evalue/-e：默认0.001

--block-size/-b ：使用内存，默认值2.0则为12G，

--threads/-p：CPU线程数，默认使用所有的