使用linux批量引物设计,干货分享：如何快速设计多条qPCR引物？

原标题：干货分享：如何快速设计多条qPCR引物？

干货分享：

小伙伴们，新的一周已经开始啦，有没有从周末中复苏过来，今天首先让我们来了解一款快速设计多条qPCR引物的数据库。

MRPrimer使用篇

qPCR成为诊断检测等多种技术手段的有利工具，在一个实验中，往往我们要设计多条qPCR引物，在多条引物的设计过程中，我们需要考虑引物之间的干扰等多种问题，目前已知的多种引物设计工具有尚有很多不足，比如需要耗时的Blast 检测，缺少对引物进行排序等。来自韩国的科学家们，设计了MRPrimer在线计算工具，可以多快多次设计多条qPCR引物，是大家不可多得的好帮手。

网址：http://mrprimerw.com/

使用方法：

在基因名称中输入感兴趣的基因，并且选择 物种是人还是小鼠。

然后进入数据库检索阶段：

最终就可以得到我们感兴趣的qPCR引物，

我们还可以点击观察不同的转录本：

原理篇

在目前已知的多种qPCR引物设计工具包中，比如primer3Plus，BatchPrimer，还有primer-Blast等，Primer3Plus主要是利用Primer3的计算核心，可以同时设计多个基因的qPCR引物，但是这个算法不能够去除off-target引物的误差，同时BLAST-primer方法非常耗时，不能够批量设计多种基因的qPCR引物，为了综合上面多种工具优点，科学家们开发了这个工具：

首先科学家们，从CCDS数据中获取输入的DNA序列：

然后科学家们，设计了多个过滤参数，进行引物的设计。

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