简介
这个教程的主要目的是讲解如何使用amber软件完成对带非标准残基的蛋白的模拟。
这个教程分5个步骤:
1.准备适合amber软件操作的pdb文件;
2.对非标准残基计算其部分电荷和赋予原子类型;
3.对非标准残基建立lib文件和力场文件,为leap模块做准备;
4.用leap模块生成蛋白的坐标和拓扑文件;
5.进行标准的最小化、升温、平衡态模拟。
一、准备pdb文件
使用的练习蛋白文件:1EMA.pdb
蛋白中带有非标准残基CRO
文件下载链接:1EMA.pdb
用pdb4amber模块去除结晶水和填加H离子:
pdb4amber -i 1EMA.pdb -o gfp.pdb --dry --reduce
#dry:去除结晶水
#reduce:加H
无法理解为啥reduce是加H。
需要手动的修改的操作:
用文本编辑器打开gfp.pdb文件
1.将MSE替换为MET;
2.将SE(原子名)替换为SD;
3.将SE(元素名)替换为S
二、计算非标准残基CRO的部分电荷和原子类型
需要下载小分子cif文件,(其实用pdb文件也可以),cif文件下载地址:
Chemical Component Dictionary (CCD)
教程直接提供的文件下载地址:
用antechamber模块计算原子类型和部分电荷:
直接用下载的cif文件,会出现报错类型的报错,将图中①位置的内容全删掉就OK(我觉得antechamber应该用不到这些_chem*信息)
antechamber -fi ccif -i CRO.cif -bk CRO -fo ac -o cro.ac -c bcc -at amber
得到ac文件,因为是和蛋白有共价结合成键的,所以要先变成ac文件,再用pregen模块变成prepin文件(是这样吧,毕竟antechamber可以直接生成prepin文件)
编写一个cro.mc文件,内容如下:
HEAD_NAME N1
TAIL_NAME C3
MAIN_CHAIN CA1
MAIN_CHAIN C1
MAIN_CHAIN N3
MAIN_CHAIN CA3
OMIT_NAME H2
OMIT_NAME HN11
OMIT_NAME OXT
OMIT_NAME HXT
PRE_HEAD_TYPE C
POST_TAIL_TYPE N
CHARGE 0.0
HEAD_NAME和TAIL_NAME定义这个残基的头和尾原子(和其他标准残基形成肽键的原子)
MAIN_CHAIN定义依次连接头原子和尾原子的原子名
OMIT_NAME定义形成肽键后,会被删掉的O、H、N
PRE_HEAD_TYPE和POST_TAIL_TYPE定义分别和头原子和尾原子相连的原子类型(这会影响到后面的力场参数)
使用prepgen生成prepin文件:
prepgen -i cro.ac -o cro.prepin -m cro.mc -rn CRO
为非标准残基生成力场文件:
parmchk2 -i cro.prepin -f prepi -o frcmod.cro -a Y \
-p $AMBERHOME/dat/leap/parm/parm10.dat
-a Y:会在打分不佳的参数后添加标注
-p:指定参考的力场参数数据集,默认使用gaff,
在终端直接输入parmchk2 -help,可以查看可以用的力场类型。
将带有“ATTN”标签的参数去除,用默认的gaff生成参数文件,补上parm10的缺陷。
grep -v "ATTN" frcmod.cro > frcmod1.cro # Strip out ATTN lines
parmchk2 -i cro.prepin -f prepi -o frcmod2.cro
目前,准备用于leap的文件有如下:
gfp.pdb(蛋白和其非标准残基)、cro.prepin(算是CRO残基库文件lib文件的前身)、两个CRO力场文件。
四、建立拓扑和坐标文件
编写tleap.in文件文件
source leaprc.protein.ff14SB
set default PBRadii mbondi3 #设置原子半径
loadAmberPrep cro.prepin
loadAmberParams frcmod2.cro
loadAmberParams frcmod1.cro
x = loadPDB gfp.pdb
saveAmberParm x gfp.parm7 gfp.rst7
quit
要是报错,若是力场参数缺少,直接复制一个新frcmod.cro文件,在里面改原子名,再用loadAmberPrep将其一并导入,就OK
用tleap -f tleap.in命令运行leap
五、编写in文件,用sander进行最小化、升温、平衡态的模拟
这里也是没有水的蛋白模拟,in文件的编写直接用之前教程的参数就可以:
之前做的教程链接:学习Amber T3.3:隐式溶剂模型(GB)的MD_黄思博呀的博客-CSDN博客_隐式溶剂模型
或直接看原教程:
Amber Basic Tutorials - Tutorial A26
好了,这个教程跑完模拟就结束了,可喜可贺、可喜可贺。