bismark 识别甲基化位点

最新推荐文章于 2023-04-19 17:29:06 发布
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在bismark中，根据甲基化的C所处的上下文环境，分成以下3类；

  1. CpG

  2. CHG

  3. CHH

p代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基，即A, C, T中的任意一种，CHG代表甲基化的C下游的2个碱基是H和G, CHH表示甲基化的C下游的两个碱基都是H。

bismark 比对完之后，会生成1个bam 文件。使用bismark_methylation_extractor命令可以从bam 文件中识别到甲基化的C，命令如下

bismark_methylation_extractor —comprehensive test/test_data_bismark_bt2.bam

只有1个参数，这个bam 文件是bimar

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