MethHC: 整合了癌症相关的甲基化与基因表达谱数据的数据库

MethHC数据库提供18种癌症的DNA甲基化、microRNA和基因表达数据,源自TCGA。它特色在于同时包含这三类数据,并对基因和甲基化位点精细分区进行相关性分析。用户可通过基因列表或KEGG通路进行检索,深入探究癌症研究中的关键基因和通路。
摘要由CSDN通过智能技术生成

MethHC数据库中,提供了18种癌症相关的DNA甲基化,microRNA表达谱和基因表达谱的数据,这里的数据来源于TCGA数据库。同时采用线性回归的方法计算甲基化和表达谱数据之间的关联。

整个数据库包含的数据汇总如下:

相比其他的甲基化数据库,Meth有以下两个特点:

  1. 数据来源于TCGA,同时包含了甲基化和基因表达谱以及microRNA表达谱的数据;

  2. 将基因划分为8个区域,甲基化位点划分为5个区域,针对单个区域计算甲基化和表达谱数据之间的相关性

基因和甲基化区域的划分方式如下所示:

和其他数据库比较的结果

Browse Top 250中,以单个基因为单位,查看该基因在癌症中的甲基化情况和表达量的情况

对于甲基化数据,其表达量采用beta值来衡量&

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