在MethHC
数据库中,提供了18种癌症相关的DNA甲基化,microRNA表达谱和基因表达谱的数据,这里的数据来源于TCGA
数据库。同时采用线性回归的方法计算甲基化和表达谱数据之间的关联。
整个数据库包含的数据汇总如下:
相比其他的甲基化数据库,Meth
有以下两个特点:
数据来源于TCGA,同时包含了甲基化和基因表达谱以及microRNA表达谱的数据;
将基因划分为8个区域,甲基化位点划分为5个区域,针对单个区域计算甲基化和表达谱数据之间的相关性
基因和甲基化区域的划分方式如下所示:
和其他数据库比较的结果
在Browse Top 250
中,以单个基因为单位,查看该基因在癌症中的甲基化情况和表达量的情况
对于甲基化数据,其表达量采用beta
值来衡量&