使用mafft进行多序列比对

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对于几千条序列的多序列比对，无论是从准确度还是运行速度上考虑，muscle通常都是最佳选择。但是muscle 的内存优化做的并不好，如果所需内存超出了机器内存，此时可以考虑mafft 这个工具。官网如下

https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/

mafft 是一个跨平台的工具，支持以下平台

该软件的基本用法如下

mafft  input > output

input为fasta格式的输入序列文件，output为fasta格式的输出结果文件。mafft 支持核酸和蛋白序列的多序列比对，内置了多种序列比对算法， 可以分为以下3大类别

1. consistency based methods

2. iterative refinment methods

3. progressive methods

这三种类别的算法在准确度和速度上各有优势，对于运行速度而言，3>2>1;对于准确度而言，1>2>3。

1. consistency based methods

此类算法包含了L-INS-i, E-INS-i, G-INS-i 3种算法。
L-INS-i 用法如下

mafft --localpair --maxiterate 1000 input_file > output_file

E-INS-i 用法如下

mafft --genafpair --maxiterate 1000 input_file > output_file

G-INS-i 用法如下

mafft --globalpair --maxiterate 1000 input_file > output_file

2. iterative refinment methods

此类算法包含了FFT-NS-i, NW-NS-i 两种算法。

FFT-NS-i 用法如下

mafft --maxiterate 1000 input_file > output_file

NW-NS-i 用法如下

mafft --maxiterate 1000 input_file > output_file

3. progressive methods

此类算法包含了FFT-NS-1, FFT-NS-2 2种算法。
FFT-NS-1 用法如下

mafft --retree 1 input_file > output_file

FFT-NS-2 用法如下

mafft --retree 2 input_file > output_file

如果在比对时，不知道如何选取合适的算法，可以使用以下设置

mafft --auto input > output

软件会根据输入序列的特征，自动选择合适的算法。

EBI 也提供了mafft的在线服务，网址如下

https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/mafft/

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