单倍型Haploview分析

0.关注SNP的筛选

 自己筛选出vcf中所关注的连锁区块位点

1.路径下vcf文件转换——>使用plink

 plink --vcf vcf_block.vcf --recode --out output_file --allow-extra-chr

2.数据处理（1）

ped中的表型数据默认为-9，需要改为0。这个是必须的，否则就报错

# ped中的表型数据默认为-9，需要改为0。这个是必须的，否则就报错
f1 = open("output_file.ped", "r").read()
f2 = open("zc.ped", "w")
f2.write(f1.replace("-9", "0").replace("BC-", "BC_"))  # 替换掉文件中会出现异常的下划线和表型数据默认的-9
f2.close()

3.数据处理（2）

筛选关注SNP的位点并处理map文件（只取2、4)两列

# 将map的第二列和第四列提取出来，保存为a1.info文件。
import pandas as pd

f_map = pd.read_csv("output_file.map", sep="\t")
f_map.iloc[:, [1, 3]].to_csv("zc2.map", index=False, sep="\t")

4.jar包路径下启用jar包

https://www.java.com/zh-CN/download/

java -jar Haploview.jar

5. 传入处理好的文件，结果1