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对于蛋白质功能研究而言,亚细胞定位是非常重要的分析内容。蛋白质在细胞中是流动的,所以一个蛋白可以具有一个到多个的亚细胞定位信息。比如转录因子等蛋白,其亚细胞定位是动态变化的,在不同亚细胞中产生不同的细胞功能。
了解蛋白质的亚细胞定位信息,可以对预测其生物学功能提供帮助。Euk-mPLOC是一个在线软件,可以预测真核生物蛋白的亚细胞定位。网址如下
http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/euk-multi-2/
将亚细胞定位分成了以下22种不同区域
Acrosome
Cell wall
Centriole
Chloroplast
Cyanelle
Cytoplasm
Cytoskeleton
Endoplasmic reticulum
Endosome
Extracell
Golgi apparatus
Hydrogenosome
Lysosome
Melanosome
Microsome
Mitochondrion
Nucleus
Peroxisome
Plasma membrane
Spindle pole body
Synapse
Vacuole
图示如下:
软件的用法也非常简单,输入FASTA格式的蛋白质序列就可以了
预测的结果如下
对于每条输入的蛋白序列,都会给出预测到的多个亚细胞定位信息。
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