使用scater包对单细胞转录组数据进行降维分析

最新推荐文章于 2023-04-24 15:19:26 发布
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本文介绍了如何利用R包scater对单细胞转录组数据进行降维分析，包括PCA、t-SNE和Diffusion Map方法。首先，通过构建SingleCellExperiment对象来存储数据，然后分别展示这三种降维方法的实现代码及其结果图像。scater包还提供数据质量控制和可视化功能，是单细胞数据分析的强大工具。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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对于单细胞转录组的数据，常用的降维方法有以下3种

  1. PCA

  2. t-SNE

  3. Difffusion map

通过scater这个R包，可以方便的进行降维分析，安装方式如下

BiocManager::install("scater", version = "3.8")

具体的操作步骤如下

1. 构建SingleCellExperiment对象

对于单细胞的数据，专门制定了一个名为SingleCellExperiment的类，用来存储相关数据。

我们首先要做的就将相关数据导入到R中，只需要下两种数据即可，第一种是基因的表达量数据，每一行代表一个基因，每一列代表一个细胞，示意如下

第二种是细胞的相关信息，可以是细胞的名字，采样时间，来源组织，处理条件等metadata, 每一行是一个细胞，每一列是一种属性，示意如下

通过这两种数据，就可以构建出一个SingleCellEx

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