使用UCSC基因组浏览器可视化测序深度分布数据

最新推荐文章于 2024-10-04 21:24:39 发布
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文章标签： 可视化 python 编程语言 html 数据可视化
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本文介绍了如何通过UCSC基因组浏览器将bedgraph格式的测序深度数据进行可视化。首先从bam文件转换为bedgraph，然后编辑track信息，最后上传文件并调整显示设置。UCSC支持bedgraph和bigwig格式，但bigwig需要公开URL。通过My Data->Custom Tracks上传bedgraph文件，完成数据展示。

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通过UCSC基因组浏览器，我们不仅可以查看别人已经公布的数据，还可以上传自己的数据进行查看，支持以下bed,vcf,bigwig等多种常见的文件格式，完整的格式列表请参考以下链接

https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/customTrack.html

对于测序深度信息，常用的有bedgraph和bigwig两种格式。对于bigwig格式，UCSC只接受URL链接，不能直接上传文件。这意味着必须先传到一个网盘上再进行分享或者上传自己的web服务器上才行，总之必须先获取一个公开的URL链接，如果有数据保密性的需求，这种格式就不太适合了。

本文主要介绍如何利用UCSC展示bedgraph格式的数据，步骤如下

1. 从bam文件得到bedgraph文件

通过bedtools可以实现，用法如下

bedtools  genomecov -ibam input.bam -bg > result.bedgraph
2. 编辑track信息

bedtools输出的bedgraph文件中，只包含了data line, 我们需要手动编辑，在文件的开头添加track line, 声明文件格式，便于UCSC基因组浏览器识别，不然会自动识别为bed格式，同时还可以添加一些基本的属性，调整显示的设置，示例如下

track type=bedGra
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