使用Minimac进行基因型填充

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Minimac是一款经典的基因型填充软件，该软件也是以内存消耗小，运行速度快而著称，历经了MaCH, minimac, minimac2, minmac3多个版本的更新换代，目前最新版本为v4, 网址如下

https://genome.sph.umich.edu/wiki/Minimac4

源代码保存在github上，网址如下

https://github.com/statgen/Minimac4

为了减少内存消耗，和beagle软件类似，minimac提出了一种名为M3VCF的格式，用来存储referenc panel的单倍型信息，将单倍型划分为不同的block, 示意如下

上图表示的是9个SNP位点构成的8种单倍型，minimac会根据染色体位置划分成不同的block区间，识别block区间内的unique haplotypes。两个邻近的block区域必须有一个重叠的位点，图中的9个位点划分成了两个block, 1-6号位点对应block B, 6到9号位点对应block B+1。在block B中，有3种唯一的单倍型，对应三种不同颜色。

M3VCF的内容示意如下