本文介绍了Odd Ratio（OR）的概念及其计算方法，通过案例解释了如何从基因型统计数据中得到OR值。重点讲述了OR置信区间的计算，包括取log转换、计算标准误，并给出了95%置信区间的计算公式。文中还提到了逻辑回归中的BETA值与OR值的关系，并提供了R代码示例来验证计算过程。此外，文章还提及了相关分析方法如Cochran-Mantel-Haenszel检验和基因型填充等生信分析话题。
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odd ratio称之为交叉乘积比，对于如下所示的数据
| Allele | A | a |
|---|---|---|
| Case | a | b |
| Control | c | d |
其计算公式如下
这里的A表示minor alllel, a表示major allel，以major allel为参照，用minor alllel的频数去除以参照的频数。然后用case组的比值除以control组的比值就可以得到odd ratio的值了。
那么odd ratio的置信区间如何计算呢？首先将odd raio值取log, 然后用log odd raio来进行分析，计算其标准误，公式如下
对于95%的置信区间，直接套用公式进行计算
以rs4970383为例，显性模型中基因型统计如下
| genotype | AA+Aa | aa |
|---|---|---|
| Case | 9 | 3 |
| Control | 5 | 7 |
隐性模型中基因型统计如下
| genotype | AA | Aa + aa |
|---|---|---|
| Case | 1 | 11 |
| Control | 2 | 10 |
其OR值和对应的置信区间结果如下
在R中用上述公式进行计算，代码如下
可以看到，结果完全一致。对于其他的置信区间，只需要将95%对应的1.96换成其他系数即可。对于如下所示的钟型曲线，根据置信度计算两侧的概率累计值
然后求解对应的z值即可，计算方法如下
值得强调的是，逻辑回归中的回归系数就是log odd raio，所以对比plink逻辑回归输出的OR和BETA值，可以发现，将OR值取log之后就是BETA值
在R中进行验证
这里我们可以得出结论，OR值置信区间的计算实际上就是根据逻辑回归的回归系数，即log odd ratio推导出来的。
·end·
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