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作为最广泛使用的关联分析工具,plink支持卡方检验,费舍尔精确检验,逻辑回归,线性回归等多种分析方法,用法简单,运行速度快。使用plink进行case/control逻辑回归, 只需如下所示的一句代码
plink —bfile sample —logistic —allow-no-sex —ci 0.95 —out out
输出结果保存在out.assoc.logistic文件中,内容如下所示
plink默认采用加性模型,针对单个SNP位点的基因型与case/control的分组进行逻辑回归分析,核心数据如下
genotype | AA | Aa | aa |
---|---|---|---|
Case | a | b | c |
Control | d | e | f |
以rs4970383
为例,其对应的表格统计如下
genotype | AA | Aa | aa |
---|---|---|---|
Case | 1 | 8 | 3 |
Control | 2 | 3 |