自己动手进行逻辑回归，你也可以！

最新推荐文章于 2024-08-14 22:29:49 发布
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文章标签： 编程语言 人工智能 机器学习 数据分析 python
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079679
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本文介绍了如何利用plink工具进行case/control逻辑回归分析，包括加性模型、显性模型和隐性模型，并与R语言的结果进行了对比，强调plink在处理大量SNP位点分析上的优势。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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作为最广泛使用的关联分析工具，plink支持卡方检验，费舍尔精确检验，逻辑回归，线性回归等多种分析方法，用法简单，运行速度快。使用plink进行case/control逻辑回归, 只需如下所示的一句代码

plink —bfile sample —logistic  —allow-no-sex —ci 0.95 —out out

输出结果保存在out.assoc.logistic文件中，内容如下所示

plink默认采用加性模型，针对单个SNP位点的基因型与case/control的分组进行逻辑回归分析，核心数据如下

genotype AA Aa aa
Case a b c
Control d e f

以rs4970383为例，其对应的表格统计如下

genotype AA Aa aa
Case 1 8 3
Control 2 3
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