引用2000多次的ATAC经典文献也在用的peak calling软件-Genrich

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在之前的文章中，我们解读过一篇引用达2000多次的ATAC经典文献

引用2115次的ATAC经典论文解读

这篇文章中，使用了Genrich这个软件来进行peak calling。该软件适用于chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq等多种文库的peak calling，源代码保存在github上，链接如下

https://github.com/jsh58/Genrich

该软件用法简单，只需要输入排序之后的bam文件即可，其peak calling的基本算法如下所示

1. 对原始bam文件进行过滤，该软件只针对双端测序的bam文件，默认情况下只保留双端同时比对到基因组上的序列。和macs2不同，该软件支持multimapping reads,对于比对到基因组多个位置的reads, 每个位置会计算一个权重。同时还可以过滤PCR重复序列，去除指定染色体上的序列

2. 如果提供了control样本，首先利用control样本构建一个背景

3. 对于treat样本，利用log-normal分布来计算每个位点的p值

4. 多重假设检验的校正，将p值转换为q值

5. 计算统计学显著，即p值或者q值小于0.05的区域，对应的曲线下的面积，即AUC, 设定AUC的阈值，如果一个区域的AUC大于阈值，则定义为peak

该软件有两种运行模式，第一种适用于chip_seq, 第二种适用于ATAC。对于ATAC的reads，需要对reads比对位置进行shift, 所以peak calling的模式也会有所不同，图示如下