batch effect究竟是什么?

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在数据分析中，经常会看到进行batch  effect校正的分析，那么batch  effect到底是什么，在我们自己的数据中存不存在batch effect, 在做哪些分析之前需要需要进行batch effect的校正，带着这些问题，我们来看下发表在natrure reviews上的一篇描述batch effect的文献，链接如下

https://www.nature.com/articles/nrg2825

1. batch effect的定义

在该文章中，给出了batch  effect的定义

Batch effects are sub-groups of measurements that have qualitatively different behaviour across conditions and are unrelated to the biological or scientific variables in a study.

关键词是sub groups，并且该sub group有已下两个特征

1. 在不同的条件下分布有差异

2. 与感兴趣的生物学条件不相关

举个例子，比如我们进行一个case/control实验设计，我们感兴趣的生物学问题是case/contorl因分组不同而导致的差异表达基因，而在具体的实验过程中，不同样本可能有不同的处理日期，比如dna提取的日期不同或者实验操作是由不同熟练度的实验员完整，当实验过程中的不同条件本身存在基因表达上的差异时，这些实验过程中的不同条件就是sub  groups, 当我们不做任何处理，直接进行case/control 间的差异分析时，这个batch effect就会极大的影响差异分析的结果，使得我们得到错误的，不可重现的结论。

在该文章中提到，在基因表达的差异分析中，batch effect对实验结论影响非常大，如果不做处理，往往导致错误的实验结论

In gene expression studies, the greatest source o