GO.db:存储Gene Ontology信息的R包

最新推荐文章于 2024-05-18 15:26:16 发布
最新推荐文章于 2024-05-18 15:26:16 发布
阅读量2.4k 收藏 2
点赞数
分类专栏： 转录组
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/83651878
版权
本文介绍了R包GO.db在Bioconductor中的作用，它作为一个数据库包存储Gene Ontology信息。内容包括如何访问数据库中的表、获取列信息、查询数据以及了解包中提供的其他信息。通过掌握GO.db的基本操作，能更好地理解和使用基于GO的生信分析R包。
摘要由CSDN通过智能技术生成

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》！

在生信分析领域，R语言由于其简单易用的特点和良好的生态环境，占用重要的一席之地。其中，Bioconductor作为生信分析专用的R语言社区，提供了许多的R包。
在这里插入图片描述
software类型的R包用于执行某项具体的分析内容，比如edgeR, DESeq2等，AnnotationData类型的包在R中存储了对应的数据库，比如GO.db等，ExperimentData类型的包存储了实验数据，Workflow类型的包提供了完整分析的pipeline。本文主要介绍AnnotationData类型的包。

为了规范化开发，方便R包的使用，Bioconductor的开发者提供了几种基础的R包，用于定义几种基础信息的存储方式。

对于数据库内容的存储和使用，在AnnotationDbi这个包中统一进行了定义。由于采用了面向对象的编程方式，所有继承了这种对象的R包其使用方式是一样的。

在Bioconductor中，有以下4种类别的注释信息包，都继承了AnnotationDbi

  1. Organism level
    比如human对应的Org.Hs.eg.db, 存储了人类的基因信息

  2. Platform level
    比如

最低0.47元/天 解锁文章
生信修炼手册
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 2
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
R包GO.db_3.0.0.zip
07-13
在生物信息领域使用R语言进行差异表达基因的GO分析时，需要改包的安装
Windows 下R软件如何安装GO.db程序包
热门推荐
星辰漫步之LLM的专栏
07-17 1万+
Weighted gene co-expression network analysis (WGCNA)是构建基因共表达网络的常用方法，下面我将简要介绍在R中安装WGCNA，以及可能遇到问题的解决方案。
不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包
最新发布
weixin_70093396的博客
05-18 908
复制报错信息中：https://bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/GO.db_3.16.0.tar.gz。Tools→install.packages→Browse→选择下载的文件→install即可。载入需要的程辑包：fastcluster。不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包。不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包。载入程辑包：‘fastcluster’下载程序包‘GO.db’时出了问题。安装源码包‘GO.db’
bioconductor常用包(GO.db等)安装问题
qq_43340469的博客
04-18 7862
项目场景： 在绘制微生物相互作用网络时，需要用R语言的igraph计算相关的参数。其中需要用到bioconductor的各类包，尤其是WGCNA是函数计算使用的前提。 问题描述 在R4.0.3安装bioconductor的常用包时，所使用的代码是： package_list <- c("digest","AnnotationDbi", "impute", "GO.db", "preprocessCore","WGCNA","multtest") for(p in package_list){ i
(2)R包，GO.db调研（数据库构建角度解析）
Yujia's Blog
08-23 2069
本文从数据库构建角度，详解R包中的GO.db的构建方式；为开发相应数据库提供预备知识 目录 1.概述 2.GO.db的数据对象组成 3.GO.db中存储的数据对象的构建规则 4.GO.db的Sqlite数据库的表的结构 1.概述： R语言里的GO.db数据库的数据存储过程由两步组成：首先将基本的id号和definition等数据封装在GO.sqlite数据库里...
go.db获取特定term下所有基因 selenium 硒代谢获取特定term的所有基因 dataframe GO terms TO GENES 忽略报错继续运行try trycatch中断运行
生信小博士的博客
08-14 196
【代码】go.db获取特定term下所有基因。
基因本体论数据库—R包GO.db
qq_27390023的博客
12-31 1316
GO.db: A set of annotation maps describing the entire Gene Ontology assembled using data from GO. library(GO.db) class(GO.db) # [1] "GODb" # attr(,"package") # [1] "AnnotationDbi" # ls and objects return a vector of character strings # giving the nam.
GO.rar_Gene Ontology_Go_ Go_ Go!_gene
09-24
**基因本体（Gene Ontology, GO）** 基因本体（Gene Ontology）是一个标准化的词汇表，用于描述生物体中基因和基因产物的功能、生物学过程以及细胞组件。这个项目始于1998年，目的是提供一个通用的语言来标准化基因...
Gene Ontology Browser:用于查看 Gene Ontology (GO) .obo 文件的浏览器。-开源
07-17
Go Browser 允许您在本地机器上查看基因本体。 您可以在层次结构中上下移动并检查术语。 这是熟悉自己并在 GO 系统中定位自己的好方法。 它是使用 Baby X 工具包构建的，因此除了 xlib 之外没有任何依赖项。 Baby X ...
OBOFoundry.github.io:Open Bio Ontologies Foundry Ontology Registry的元数据和网站
04-28
有关更多详细信息，请参见： 我有一些意见 您可以使用但您可能要等到更稳定为止 我想贡献 请做！ 任何人都可以派遣PR或。 请注意，社区的大多数成员将通过obofoundry.org网站执行此操作-每个本体页面都有用于编辑...
Human-Phenotype-Ontology.github.io:人类表型本体论网站
05-11
人类表型本体论（Human Phenotype Ontology, HPO）是生物医学研究领域中一个重要的资源，它提供了一个标准化的词汇系统，用于精确描述人类疾病相关的表型特征。HPO的目标是帮助研究人员将基因、疾病和表型关联起来，...
p6spy-3.0.0.zip
05-11
个人资源分享整理博客：http://blog.csdn.net/fanxiaobin577328725/article/details/51894331 (将上传的图书，随书代码，以及先前分部分上传的资源进行了整理，可以看做一个目录，出于分享的目的，供大家免费下载)
Go语言（goleveldb和ledisdb数据库介绍）
渡辺麻友
02-28 4883
Mayuyu要介绍一个Go语言编写的K-V数据库，叫做goleveldb。   goleveldb在github上的链接为：https://github.com/syndtr/goleveldb   开发文档参考：http://godoc.org/github.com/syndtr/goleveldb
Go语言原生数据库操作（六）—— 数据库
qq_54353206的博客
02-10 847
​ 这次比较深入地去了解学习了go中数据库的操作，收获颇多。也开始了GORM库的学习，下一篇文章记录GORM的使用。
WGCNA中安装GO.db提示错误
ziixiaoshenwang的博客
06-02 6836
错误提示为 library(WGCNA) 错误: package or namespace load failed for ‘WGCNA’: package ‘GO.db’ was installed before R 4.0.0: please re-install it 最好先把旧版本的GO.db删掉，个人习惯，不删会怎么样我也不知道 remove.packages(“GO.db”) 然后从GO.db - Bioconductor下载tar.gz包 网址：http://bioconductor.
R下载安装WGCNA
m0_63768606的博客
03-20 8918
记录并总结自己学习过程遇到的问题 刚开始学习WGCNA 在学习了相关的原理之后 想要按照官网的教程走一边 理解其中的代码 一 刚开始就遇到了这样的问题，没办法下载WGCNA包 Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): 不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包 然后我尝试下载这个包 包括在Bioc...
Go的DB查询坑
思维小刀
08-22 417
BEEGO里面的 属性第一个字母大写 表名字第一个字符大写 类型对应表的第一个字母大写 中间部分的遇到大写字母 就会添加一个下划线！ 不然会查询不了信息啊！！！！！ ...
Go学习--安装gorocksdb，从而使用rocksdb
Taro小峰的博客
03-26 6659
golang使用rocksdb用到的是gorocksdb，在这之前需要在linux系统下安装好rocksdb，在安装gorocksdb 在此记录安装流程和中间遇到的问题 一、安装rocksdb 1.保证版本在4.7以上 gcc --version g++ --version 2.必要的库 apt-get -y install build-essential apt-get -y inst...
go操作DB需要注意的
weixin_41745285的博客
04-03 1504
准备 CREATE TABLE `nation` ( `id` int(11) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT COMMENT '主键', `name` varchar(25) DEFAULT '' COMMENT '国家名称', `age` int(11) unsigned DEFAULT NULL COMMENT '年龄', PRIMARY K...
SWRLRuleEngine ruleEngine = SWRLAPIFactory.createSWRLRuleEngine(ontology);报错.NoRegisteredSWRLRuleEnginesException: no registered SWRL rule engines
06-03
这个错误通常是由于SWRLAPI没有找到可用的SWRL规则引擎而引起的。要解决这个错误，您需要在代码中注册一个SWRL规则引擎。 例如，如果您想使用Jena规则引擎，则可以按照以下步骤注册它： 1. 导入所需的类和接口： import org.swrlapi.core.SWRLRuleEngine; import org.swrlapi.factory.SWRLAPIFactory; import org.swrlapi.jena.owl2rl.JenaOWL2RLRuleEngineCreator; 2. 创建一个JenaOWL2RL规则引擎创建器： JenaOWL2RLRuleEngineCreator ruleEngineCreator = SWRLAPIFactory.createJenaOWL2RLRuleEngineCreator(); 3. 注册规则引擎： SWRLAPIFactory.registerRuleEngine(ruleEngineCreator); 4. 创建一个SWRLAPI解析器，并使用它来解析SWRL规则文件： SWRLRuleEngine ruleEngine = SWRLAPIFactory.createSWRLRuleEngine(ontology); SWRLAPIOWLOntology swrlapiOntology = ruleEngine.getSWRLAPIOWLOntology(); SWRLAPIParser parser = SWRLAPIFactory.createSWRLAPIParser(swrlapiOntology); parser.parseRule("MyRule", "Person(?x) ^ hasAge(?x, ?a) ^ swrlb:greaterThan(?a, 18) -> Adult(?x)"); 现在您应该能够成功创建一个SWRL规则引擎并解析SWRL规则文件。如果您仍然遇到问题，请参阅SWRLAPI的文档或寻求帮助。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值