综述 2022-Briefings in Bioinformatics：多模态AI+生物医学数据（主要集中于多组学数据）

最新推荐文章于 2024-09-14 18:33:47 发布
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Stahlschmidt, Sören Richard, Benjamin Ulfenborg, and Jane Synnergren. "Multimodal deep learning for biomedical data fusion: a review." Briefings in Bioinformatics 23.2 (2022): bbab569. https://doi.org/10.1093/bib/ bbab569

被引次数：124

一、生物医学数据类型

生物医学领域数据类型：bulk RNA-seq、scRNA-seq、ATAC-seq、空间转录组等

二、AI方法

三、数据融合方法概述

素材积累
关注
生物信息学简史，A brief history of bioinformatics- Briefings in Bioinformatics综述解读
cling5899的博客
03-22 1837
A brief history of bioinformatics 原文 DOI号：10.1093/bib/bby063 参考链接 生物信息学简史-生信自学网 A Brief history of Bioinformatics 1950–1970: The origins Protein analysis was the starting point 生物信息学在DNA中的应用要落后于蛋白质研究将近20年时间，因为50年代早期普遍认为蛋白质才是遗传信息载体。 Dayhoff: the first bio.
[医学多模态融合系列 -4] Multimodal deep learning for biomedical data fusion: a review
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01-19 2046
生物医学数据正变得越来越多模式，从而捕捉生物过程之间潜在的复杂关系。基于深度学习 (DL) 的数据融合策略是对这些非线性关系进行建模的一种流行方法。
【论文总结】Multimodal Deep Learning
qq_33874667的博客
12-12 2232
https://people.csail.mit.edu/khosla/papers/icml2011_ngiam.pdf
仿真的数据能否用来深度学习_基于深度学习的多模态数据融合研究
weixin_39970823的博客
11-28 778
引用：Gao J, Li P, Chen Z, Zhang J. A Survey on Deep Learning for Multimodal Data Fusion. Neural Comput. 2020;32(5):829-864. doi:10.1162/necoa01273摘要：异构网络的广泛部署产生了大量具有高容量、高多样性、高速度和高准确性特征的数据。这些数据称为多模态大数据，包...
AI综述专栏 | 多模态学习研究进展综述
喜欢打酱油的老鸟
06-29 7952
https://www.toutiao.com/a6703774252220285443/ AI综述专栏 在科学研究中，从方法论上来讲，都应先见森林，再见树木。当前，人工智能科技迅猛发展，万木争荣，更应系统梳理脉络。为此，我们特别精选国内外优秀的综述论文，开辟“综述”专栏，敬请关注。 作者简介 许倩倩，中科院计算所智能信息处理重点实验室副研究员，主要研究方向是多媒体内容分析、数...
知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Briefings in Bioinformatics-2021)：生物信息学中的图表示学习：趋势、方法和应用
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10-24 1655
图是描述复杂系统的一种天然数据结构，它包含一系列对象和关系。无处不在的现实生活中的生物医学问题可以建模为图分析任务。机器学习，特别是深度学习，在大量的生物信息学场景中取得成功，数据以欧氏空间表示。然而，非欧几里德生物医学图中保留了丰富的生物元素之间的关系信息，这对经典的机器学习方法来说并不友好。图表示学习的目的是将图嵌入到低维空间中，同时保持图的拓扑和节点属性。它连接了生物医学图和现代机器学习方法，最近引起了机器学习和生物信息学领域的广泛关注。本文综述了图表示学习及其在生物信息学中的代表性应用。
疾病相关 circRNA 预测的深度学习模型研究进展（Briefings in Bioinformatics）
adsdasdasdahj的博客
04-26 1125
新的证据表明，环状 RNA (circRNA)可以为疾病的诊断和治疗提供新的见解和潜在的治疗靶点。然而，传统的生物学实验是昂贵和耗时的。最近，深度学习具有更强大的表示学习能力，使其成为预测疾病相关的 circRNA 的一种有前途的技术。本文主要介绍了目前最流行的与 circRNA 相关的数据库，并总结了基于深度学习的 circRNA 疾病关联预测方法的三种类型: 基于特征生成的方法、基于类型鉴别的方法和基于杂交的方法。
想了解医疗大模型吗？请看《智能系统学报》实验室最新综述论文
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文章介绍了大模型在医疗领域的应用前景和挑战。随着人工智能技术的发展，大模型在医疗问诊、临床决策支持、药物研发和医学教育等多个应用场景中展现出巨大的潜力。文章分析了针对医疗任务的大模型的专门训练策略、性能及其特点，并探讨了大模型在医疗领域的挑战与未来发展趋势。
BiB | 珠江医院周宏伟/方臻成等开发基于语言模型的宏基因组益生菌挖掘算法
悟道西方
04-21 88
metaProbiotics：利用语言模型从宏基因组分箱数据中挖掘益生菌metaProbiotics: a tool for mining probiotic from metagenomic binning data based on a language modelArticle，2024-03-14，Briefings in Bioinformatics，[IF 9.5]DOI：https:...
上海交通大学电院高薪诚聘计算机、自动化、生物信息学、系统生物学、生物、化学、药学等相关专业博后...
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袁野，上海交通大学—电子信息与电气工程学院--长聘教轨副教授，博士生导师。2021年获得上海市浦江人才计划和海外高层次人才计划；发表文章包括Nature 子刊、PNAS、Genome biology、Bioinformatics、Plos Computational Biology、Briefings in Bioinformatics、Quantitative Biology等，同时致力于将多项...
publicRNAseqdata:论文“评估公共人体组织 RNA-seq 数据集的一致性”（Danielsson 等，Briefings in Bioinformatics 2015, 16 (6)）的代码
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手稿随附的所有数据分析演练比较已发布的 FPKM/RPKM 值和重新处理的 FPKM 值。 本文档的第一部分定义了一些辅助函数，然后详细展示了数据是如何下载和合并的。 但是，大部分与下载和组合相关的材料都被注释掉了-仅...
综述 2022-IEEE-TCBB：alignment free sequence comparison
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最后，计算所有交叉验证的平均分数和标准差，并将结果记录到日志中。如果任务数大于 1，就遍历每一个任务，并记录所有交叉验证的平均分数和标准差。循环遍历每一次交叉验证的结果，并记录测试分数。循环对数据集进行交叉验证，即将数据集分成若干个子集，每次使用其中一个子集作为测试集，其余子集作为训练集。表示将随机种子设为当前交叉验证的编号加上初始随机种子，以保证每次交叉验证使用的随机数序列不同。这段代码计算交叉验证的平均分数，并将平均分数和标准差记录到日志中。函数进行一次交叉验证的训练，并将训练得到的分数保存到。
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探讨人工智能和机器学习在生物信息学中的应用，包括深度学习、神经网络等方面的进展。 在投稿时，作者需要确保简报内容与生物信息学领域相关，并且具有一定的学术价值和创新性。同时，简报的叙述需要清晰明了，图表...
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