2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现 八 ：STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI），cytoscape软件筛选hub基因

最新推荐文章于 2024-06-04 09:51:42 发布
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论文地址

STRING数据库

PPI网络构建

输入差异基因list

进入网页，左侧选择“Multiple proteins”,输入所有差异基因list，“Organsim”选择“Homo sapiens”,然后“SERACH”
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继续
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PPI图

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保存结果

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cytoscape软件筛选hub基因、功能模块

在此之前，需要先下载cytohHubba插件以及MCODE插件

输入“string_interactions”文件

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用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因

下面这张图主要就是根据Degree值给基因排序
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下面的图片就是筛选出来的10个hub基因，保存结果，后续进行生存分析
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生存分析

最终发现VEGFA基因与生存显著相关
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用MCODE插件，筛选功能模块

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RNA-seq分析：Step10（Cytoscape制作蛋白质互作网络及寻找核心基因）
沉香best的博客
09-09 1538
Cytoscape是一个生物信息学工具，用于可视化和分析分子相互作用网络。在Cytoscape软件中，输入的edges文件指的是连接节点的边缘信息，该文件包含了所有边缘的起始节点和终止节点的信息。通过同时导入edges和nodes文件，Cytoscape可以生成一个可视化的网络图，其中所有节点和边缘的属性信息可以根据需要进行调整和编辑。在寻找核心基因时，我们可以利用Cytoscape提供的网络分析工具，如度中心性、介数中心性、紧密度等指标，来计算网络中各节点的重要性，并筛选出具有重要作用的核心基因。
RNA 17. SCI 文章中的筛选 Hub 基因 (Hub genes)
weixin_41368414的博客
04-03 8229
全网最全面的解读Hub 基因分析流程
Redis篇——String类型在Redis中底层存储数据结构，全方位分析底层存储原理！
最新发布
我热爱学习，也乐于分享。无论是科技前沿的洞见，还是生活中的小技巧，我都会在这里与你分享。我相信，知识就是力量，而分享则能让这份力量得到更好的传递。
06-04 486
String是Redis中最基本的数据类型，它可以存储任意类型的数据，比如文本、数字、图片或者序列化的对象等等。一个String类型的键最大可以存储512MB的数据。
如何筛选基因——Hub gene 识别方法
qq_36711935的博客
12-02 4013
如何从众多差异表达基因中找到后续用于实验分析的基因呢？ 这里介绍Hub GENE，一种广泛使用且非常容易出阳性结果的方法！
【论文复现】CBAM（2018）
qq_38253797的博客
05-26 2572
前言：该篇论文(2018年)提出两个attention模块，一个是基于channel（CAM），一个是基于spatial(SAM）。 \qquad\,同时，两个模块也可以组合起来使用，形成CBAM。CBAM是一个轻量化模块，两个模块的实现都比较 \qquad\,简单，而且能够在现有的网络结构中即插即用。在YOLOv4中就用到了SAM。 论文： https://arxiv.org/abs/1807.06521. 代码： https://github.com/luuuyi/CBAM.PyTorch. 一、..
【论文复现】DenseNet（2018）
qq_38253797的博客
05-21 1240
论文: https://arxiv.org/pdf/1608.06993.pdf. PyTorch实现代码：github链接. 一、背景（动机） 随着卷积神经网络变得越来越深，一个新的研究问题出现了：当输入信息（梯度信息）经过许多层之后，在它到达网络末尾（开端）时，它会消失和“洗净”。这种现象就是我们常说的梯度消失或者说是梯度弥散问题。 对神经网络结构的探索一直是神经网络研究的重要组成部分。近年来也取得了很大的进展，比如对网络支路的探索如ResNet、Highway Networks、Stochasti.
假期读物|2018年PaddlePaddle经典论文复现合集
PaddlePaddle
02-03 421
过去几年发表于各大 AI 顶会论文提出的 400 多种算法中，公开算法代码的仅占 6%，其中三分之一的论文作者分享了测试数据，约 54% 的分享包含“伪代码”。这是今年 ...
【生信简单文章复现】差异分析+WGCNA+功能富集分析+PPI网络+Hub基因验证
qq_65680034的博客
10-30 5278
Weighted Gene Co-Expression Network Analysis，加权基因共表达网络，将复杂生物过程的基因共表达网络划分为高度相关的几个特征模块，其代表着机组高度协同变化的基因集，并可将模块与待定的临床特征建立关联，在研究表型性状与基因关联分析等方面的研究中被广泛应用。本文通过差异分析、WGCNA分析、功能富集分析、PPI网络分析以及生存分析，期望找到乳腺癌(BRCA)的靶基因，进而研究靶基因影响的生物学通路或代谢网络等。
利用STRING-数据库进行Cytoscape.docx
05-28
使用 STRING 数据库和 Cytoscape 软件可以实现在蛋白质互作预测和可视化上取得巨大的成果，能够帮助研究人员更好地理解蛋白质之间的相互作用，推动生命科学的发展。 STRING 数据库的优点包括： * 集成了实验数据...
cytoscape-sbgn-stylesheet：通过Cytoscape.js和sbgn-ml查看生物网络
02-05
cytoscape-sbgn样式表 一个Cytoscape.js软件包，提供SBGN特定的字形样式（） 目的 渲染SBGN-PD（系统生物学图形表示法）图-一种表示生物过程的视觉语言。 安装 通过npm安装 npm install cytoscape-sbgn-stylesheet ...
react-cytoscapejs:Cytoscape.js网络可视化的React组件
05-11
React细胞react-cytoscapejs软件包是MIT许可的组件，用于网络（或图形，如）的可视化。 该组件呈现一个图。 该组件的大多数道具是 。用法npmnpm install react-cytoscapejsnpm install cytoscape@3.x.y # your ...
COMFI:用于检测蛋白质复合物的 Cytoscape 插件。-开源
05-29
该项目拥有一个 Cytoscape 2.8 插件，用于检测蛋白质相互作用网络中的蛋白质复合物。 它使用来自以下数据库的数据： - CORUM - CYC2008 目前正在准备一份出版物。 COMFI 旨在与 VIPER 和 PEANuT 插件协同工作。
cytoscape.js-layers:Cytoscape.js插件，用于简化图层（SVG，画布，HTML）
05-25
安装npm install cytoscape cytoscape-layers用法在Github上查看或在此 import cytoscape from 'cytoscape' ;import Layers from 'cytoscape-layers' ;cytoscape . use ( Layers ) ;const cy = cytoscape ( { ...
复现计算机论文模型,COLING 2018 最佳论文解读：序列标注经典模型复现
weixin_39888412的博客
07-08 275
原标题：COLING 2018 最佳论文解读：序列标注经典模型复现在碎片化阅读充斥眼球的时代，越来越少的人会去关注每篇论文背后的探索和思考。在这个栏目里，你会快速 get 每篇精选论文的亮点和痛点，时刻紧跟 AI 前沿成果。这是 PaperDaily 的第 86篇文章本期推荐的论文笔记来自 PaperWeekly 社区用户@handsome。这篇论文是 COLING 2018 的 Most rep...
2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现 七 ：DAVID在线工具进行KEGG富集分析
热门推荐
bioprogrammer
08-18 1万+
文章目录论文地址DAVID官网获得KEGG富集分析结果气泡图cytoscape软件绘制代谢通路网络图network datatable data 论文地址 DAVID官网 KEGG富集分析和GO富集分析方法一致，具体步骤见我上篇文章DAVID在线工具进行GO富集分析，这里主要展示可视化结果 获得KEGG富集分析结果 1.输入文件为所有差异表达基因列表 2.选择GO富集分析结果时，我们点击“Path...
string 包含_蛋白互作之STRING/Cytoscape
weixin_39671964的博客
12-16 2710
蛋白互作之STRING/Cytoscape蛋白互作网络蛋白互作网络是分子网络的一种，就蛋白质而言，包括蛋白-DNA互作、蛋白-RNA互作、蛋白-蛋白互作。今天讲的是蛋白-蛋白互作。互作关系包括抑制、激活、催化等，通过互作发挥特定的生物学功能。实验层面可以通过以下方式对互作关系进行验证。酵母双杂(Y2H)筛选、Co-IP和GST-pulldown验证。蛋白互作数据库STRING(https...
string+cytoscape 构建PPI蛋白互作网络
Squirrelity的博客
05-06 1441
string网站：https://cn.string-db.org/cgi/input.pl genemania网站也可查看PPI： http://genemania.org/ 选multiple protein 分行输入基因名（ by Names / Identifiers ） setting设置，exports输出 下载 as tabular text output 输出的文件（tsv） cytoscape的用法 https://www.bilibili.com/video/BV1m34y1o7dK?s
cluego使用说明_PPI网络实战:String加Cytoscape联手挖掘PPI网络
weixin_39779739的博客
02-01 1137
欢迎关注”生信修炼手册”!在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法。MCODE全称molecular complex detection, 是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一，在cytoscape 软件中提供了一个MCODE插件，可以方便的对网络进行聚类。cytoscape 是一个功能强大...
基于飞桨复现 CVPR2018 Relation Net的全程解析
百度大脑
07-31 1453
【飞桨开发者说】佟兴宇，北京航空航天大学硕士，机器视觉算法工程师。Relation Net 是 CVPR2018的一篇论文，论文链接：https://arxiv.org/pdf/1711...
怎么用cytoscape做ppi网络
09-20
Cytoscape是一个功能强大的可视化和分析生物网络的软件工具，被广泛应用于蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的分析。下面将介绍如何使用Cytoscape来构建PPI网络。 首先，准备输入数据。PPI网络通常包括两个主要组成部分：蛋白质节点和它们之间的相互作用边。节点可以由蛋白质的ID或名称表示，而边可以由两个节点之间的相互作用关系表示，如蛋白质复合物、调控作用等。准备好这些数据后，我们可以开始使用Cytoscape构建网络。 启动Cytoscape软件，然后点击菜单栏中的“文件”->“导入”来导入节点和边的数据文件。节点数据可以使用.tab或.csv格式，边数据可以使用.sif或.csv格式。导入数据后，可以在Cytoscape的主界面上看到节点和边以及它们之间的连接。 接下来，我们可以根据需要进行网络样式的设置。Cytoscape提供了丰富的网络样式选项，可以更改节点和边的颜色、形状、大小等。可以通过单击节点或边来选择它们，并在样式面板中进行设置。 在构建PPI网络时，我们还可以通过分析模块检测算法来发现功能相关的网络模块。Cytoscape提供了多种网络分析插件，如MCODE、ClusterMaker等，可以帮助我们找到密集连接的节点群集，这些节点可能在功能上高度相关。 最后，我们还可以使用Cytoscape的网络布局算法来优化PPI网络的显示效果。可以使用随机布局、有机布局等算法来使网络更加清晰可视化。 总结起来，使用Cytoscape构建PPI网络需要准备好节点和边数据，导入数据后进行样式设置、模块检测和网络布局等操作。通过这些步骤，我们可以方便地对PPI网络进行可视化和进一步的分析。

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