string 包含_蛋白互作之STRING/Cytoscape

蛋白互作之STRING/Cytoscape

蛋白互作网络

蛋白互作网络是分子网络的一种，就蛋白质而言，包括蛋白-DNA互作、蛋白-RNA互作、蛋白-蛋白互作。今天讲的是蛋白-蛋白互作。

互作关系包括抑制、激活、催化等，通过互作发挥特定的生物学功能。

实验层面可以通过以下方式对互作关系进行验证。酵母双杂(Y2H)筛选、Co-IP和GST-pulldown验证。

蛋白互作数据库

STRING(https://string-db.org/)

IntAct (http://www.ebi.ac.uk/intact/)

MINT(http://mint.bio.uniroma2.it/)

DIP (http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/)

今天介绍常用的STRING数据库。

菜单栏介绍：

STRING::Search:在线搜索蛋白的互作关系。

• Protein by name：根据名字搜索单个蛋白的所有互作关系。

• Protein by sequence：根据蛋白序列搜索单个蛋白的所有互作关系，此时最好指定数据库中的物种，减少比对时间。文件格式为fasta，不要输入核酸序列。

• Multiple proteins：根据名字搜索多个蛋白之间的互作关系。

• Multiple sequences：根据序列搜索多个蛋白之间的互作关系。

• Proteins with Values/Ranks：根据各蛋白对应值(FC、logFC等)的排序进行功能富集分析(GSEM)。

• Examples：蛋白互作图示例。

STRING::Downloadÿ