ggplot扩展包--gghalves

gghalves包

描述

这里主要介绍这个包中的geom_half_violin()函数，它相当于geom_violin()函数的变体，因为这个函数主要作用就是展示一半的小提琴图，然后与其他图形组合。

使用

geom_half_violin(mapping = NULL, data = NULL, stat = "half_ydensity",
  position = "dodge", ..., side = "l", nudge = 0,
  draw_quantiles = NULL, trim = TRUE, scale = "area",
  na.rm = FALSE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE)

stat_half_ydensity(mapping = NULL, data = NULL, geom = "half_violin",
  position = "dodge", ..., bw = "nrd0", adjust = 1,
  kernel = "gaussian", trim = TRUE, scale = "area", na.rm = FALSE,
  show.legend = NA, inherit.aes = TRUE)

参数

参数	解释
mapping	通过aes()指定图形属性映射。默认为NULL，使用ggplot()中aes()指定的映射。
data	指定数据框。默认为NULL，使用ggplot()中的数据。
stat	覆盖geom_density()和stat_density()之间的默认连接。
position	位置调整，可以是字符串，默认为"dodge"，也可以是位置调整函数的调用结果。
...	其他参数，通常是图形属性，将其设置为固定值，如color = "red"或者size = 3。
side	画半小提琴图的一侧。 “ l”代表左，“ r”代表右，默认为“ l”。
nudge	在小提琴图和分配给x轴上给定因子的空间中间之间添加空间。
draw_quantiles	如果不是MULL（默认为NULL），在给定的密度估计分位数处绘制水平线。
trim	若为TRUE（默认），将小提琴的尾部修整到数据范围。 若为FALSE，不修剪尾巴。
scale	如果为"area"（默认），则所有小提琴都具有相同的面积（修剪尾部之前）。 如果为"count"，则面积将与观察值成比例地缩放。如果为"width"，则所有小提琴都具有相同的最大宽度。
na.rm	如果为FALSE（默认），则会使用警告删除缺失值。如果为TRUE，则会自动删除缺少的值。
show.legend	逻辑值，默认为NA，若为FALSE，不显示该图层的图例； 若为TRUE，则显示该图层的图例。 它也可以是带有名称（图形属性）的逻辑向量，用来选择要显示的图形属性。 如show.legend = c(size = TRUE,color = FALSE)表示显示size对应的图例， 而不显示color对应的图例。
inherit.aes	默认为TRUE，若为FALSE，覆盖ggplot()中aes()默认属性，而不是与他们组合。
geom	覆盖geom_density()和stat_density()之间的默认连接。
bw	要使用的平滑带宽度。如果是数字，则为平滑内核的标准差。
adjust	多次带宽调整。这使得可以在仍使用带宽估计器的情况下调整带宽。 例如，adjust = 1/2表示使用默认带宽的一半。
kernel	内核，平滑曲线方法。详见：density()

示例

云雨图

library(tidyverse)
# 统计摘要
summ_iris <- iris %>% 
  group_by(Species) %>% 
  summarise(
    mean = mean(Sepal.Length),
    sd = sd(Sepal.Length),
    n = n()
  ) %>% 
  mutate(se = sd/sqrt(n),
         Species = factor(Species, levels = c('versicolor', 'setosa', 'virginica')))

# 数据转换  
iris_plot <- iris %>% 
  mutate(Species = factor(Species, levels = c('versicolor', 'setosa', 'virginica')))

# 绘图
library(gghalves)
library(ggpubr)
library(ggsignif)
ggplot(iris_plot , aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species))+
  geom_half_violin(aes(fill = Species),
                   position = position_nudge(x = .15, y = 0),
                   adjust=1.5, trim=FALSE, colour=NA, side = 'r') +
  geom_point(aes(x = as.numeric(Species) - 0.1,
                 y = Sepal.Length,color = Species),
                 position = position_jitter(width = .05),size = .25, shape = 20) +
  geom_boxplot(aes(x = Species,y = Sepal.Length, fill = Species),
               outlier.shape = NA,
               width = .05,
               color = "black")+
  geom_point(data=summ_iris,
             aes(x=Species,y = mean,group = Species, color = Species),
             shape=18,
             size = 1.5,
             position = position_nudge(x = .1,y = 0)) +
  geom_errorbar(data = summ_iris,
                aes(x = Species, y = mean, group = Species, colour = Species,
                    ymin = mean-se, ymax = mean+se),
                width=.05,
                position=position_nudge(x = .1, y = 0)
                ) +
  scale_color_jco() +
  scale_fill_jco() +
  geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "setosa"),
                                 c("versicolor", "virginica"),
                                 c("setosa", "virginica")),
              y_position = c(8.2, 8.6, 8.4),
              map_signif_level = c("***" = 0.001, "**" = 0.01, "*" = 0.05)) +
  ggsave('云雨图.pdf', width = 7, height = 6)

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