生信豆芽菜-样本分布比较的热图

最新推荐文章于 2024-08-23 13:46:43 发布
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文章标签： r语言 数据挖掘 数据分析
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1、数据准备
表型信息：
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2、设置图片的高度和宽度，提交等待运行成功
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3、结果
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当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析
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木之如水
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生信质控分析-FastQC
01-13
3. **序列长度分布**：检查测序读长短边的分布，确保所有样本的测序深度一致。 4. **Adapter污染**：检测序列中是否存在适应子残留，过多的适应子污染可能影响下游分析。 5. **重复模式**：揭示序列的重复性，有助于...
华中科技大学生信专业课件--基因芯片
07-09
华中科技大学生信专业课件.基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列...
生信豆芽菜-风险患者分布基因表达热图
weixin_43949246的博客
09-06 79
2、选择划分高低风险的阈值，需要注意的是，前面在做riskscore的时候，我们进行zscore，所以这里选择0作为截断值，划分高低组。接着选择三组颜色，图片的高度和宽度，提交等待运行结果。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。第一个文件：基因表达的文件。第二个文件：风险得分的文件。
生信豆芽菜-机器学习筛选特征基因
weixin_43949246的博客
09-06 534
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。第二个文件：分组信息，第一列为样本名，第二列为患者分组。这里选择是lasso，每一个基因对于分组的贡献。2、选择机器学习的方法，然后提交等待结果即可。第一个文件：特征表达数据。第三个文件：分析基因名。
生信豆芽菜-信号转导通路相关评分的计算
weixin_43949246的博客
08-23 143
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。2、提交后，等待运行成功即可下载。表达谱数据，行为基因，列为样本。
生信豆芽菜-EMT评分的计算
weixin_43949246的博客
08-23 218
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。2、提交后，等待运行成功即可下载。表达谱数据，行为基因，列为样本。
生信豆芽菜-oncoPredict预测药物的敏感性
weixin_43949246的博客
08-17 733
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。准备一个行为基因，列为样本的表达谱矩阵即可。2、选择训练集数据库，提交等待运行成功即可。
生信豆芽菜-ImmuCellAI预测24种免疫评分
weixin_43949246的博客
08-15 451
ImmuneCellAI能够估计18种T细胞和6种其他类型免疫细胞（B细胞，NK细胞，Monocyte细胞，Macrophage细胞，Neutrophil细胞和DC细胞.）的比例，同时可以预测患者对免疫检查点抑制剂治疗的反应，如果有分组信息，使用传统的方差检验的方法比较不同分组下各个免疫细胞比例的差异。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据,也可以关注：豆芽数据分析。一个全编码蛋白的表达谱基因，其中行为基因，列为样本。一、ImmuCellAI预测24种免疫评分简介。
生信豆芽菜-ESTIMATE预测免疫评分
weixin_43949246的博客
08-15 894
它通过分析基因表达数据来估计肿瘤组织中间质细胞和免疫细胞的相对丰度，从而提供免疫评分的预测。它可以帮助研究人员预测肿瘤样本中免疫细胞的存在程度，评估免疫细胞的浸润水平，从而为研究肿瘤免疫生物学特征、预测患者对免疫治疗的反应以及指导治疗方案提供有价值的信息。根据ESTIMATE的计算结果，可以得到肿瘤样本的免疫评分预测。该评分反映了肿瘤样本中免疫细胞和间质细胞的丰度，可用于评估免疫细胞浸润情况和免疫反应水平。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，还可以关注：豆芽数据分析。
生信豆芽菜-TIDE分析
weixin_43949246的博客
08-15 1203
该工具主要有以下功能模块：预测反应（Predict Response）：为每个肿瘤样本计算的TIDE评分可以作为替代生物标记物，预测对免疫检查点阻断的反应，包括黑色素瘤和NSCLC的抗PD1和抗CTLA4。2、选择肿瘤类型等等，这里需要注意是如果数据没有进行scale标准化，则需要选择在是否选择scale上选择yes。TIDE代表肿瘤免疫功能障碍和排斥，用于评估肿瘤样本基因表达谱中肿瘤免疫逃逸的可能性。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。
生信豆芽菜-limma差异分析使用说明
weixin_43949246的博客
08-09 1460
limma的分析过程包括ANOVA分析、线性回归等，可以用于RNA-Seq和芯片数据的差异分析表达。在差异分析中，p值的大小反应的是分组样本的重复性，组内重复性越好，p值往往越小，在分析的过程中，我们一般认为满足p0的基因为在C1组中高表达，log2(FC)
生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_
10-02
这通常涉及到比较实验组和对照组之间的基因差异表达，并对这些差异基因进行功能分类。 R语言提供了多种富集分析的包，如`clusterProfiler`、`enrichR`、`goseq`、`Pathview`等。以`clusterProfiler`为例，这个包包...
生信分析论文套路R语言代码
12-05
TCGA GEO数据处理，基因注释，差异分析，GO，KEGG，GSEA富集分析，肿瘤突变负荷，免疫浸润，LASSO回归，随机森林，SVM-RFE，COX回归，WGCNA网络，共识聚类分析，药物敏感性分析，干性指数，免疫浸润指数，预后模型等...
全球植被覆盖率数据-maxent分布预测可用
12-17
标题 "全球植被覆盖率数据-maxent分布预测可用" 暗示了这是一份关于全球植被覆盖情况的数据集，其中可能包含各个地理位置的植被覆盖率信息。MaxEnt（Maximum Entropy Modeling）是生态学中常用的一种物种分布建模...
RKNN在转换过程中的均值和方差设置问题
weixin_44133371的博客
08-20 334
为什么ONNX转RKNN要匹配均值和方差？因为不匹配精度会下降！！！
R 语言学习教程，从入门到精通，R Excel 文件使用（18）
qq_45746668的博客
08-19 359
Excel 格式的文件主要是 xls 或 xlsx，这两种文件可以在 R 语言中导入 xlsx 库来实现直接的读取。 R 语言读写 Excel 文件需要安装扩展包，
基于R语言遥感随机森林建模与空间预测
weixin_48230888的博客
08-20 504
因此，遥感随机森林建模与空间预测的应用能够有效提升遥感数据分析的精度和可靠性，是许多研究者关注的热点。在R语言中，随机森林的实现与应用非常方便，R语言提供了多种包用于构建和优化随机森林模型。此外，R语言在数据可视化方面的优势使得用户能够直观地展示模型的结果和变量的重要性，进一步提高了分析的可解释性和应用价值。因此，R语言中的随机森林工具因其易用性、灵活性和强大的功能，成为遥感数据分析中不可或缺的工具。（2）R语言基础语法与数据结构，包括：程序包安装、加载、更新，数据读取与输出，ggplot2常规画图等。
企业中需要哪些告警Rules
最新发布
s1440350254的博客
08-23 1049
Prometheus中的告警规则允许你基于PromQL表达式定义告警触发条件，Prometheus后端对这些触发规则进行周期性计算，当满足触发条件后则会触发告警通知。在企业中，为了确保业务的稳定性和可靠性，Prometheus告警规则非常重要。在企业中，不同的业务拥有不同的指标和告警规则。例如，对于ToC平台，需要监控订单量、库存、支付成功率等指标，以确保业务的正常运行。企业中通常会有多个环境，例如开发、测试、预生产和生产环境等。由于每个环境的特点不同，因此需要为每个环境制定不同的告警规则。
微生信平台怎么用R 包跑热图？
06-07
要使用R包进行热图分析，需要先安装一些必要的R包和软件依赖项，包括`pheatmap`、`RColorBrewer`和`gplots`等。你可以在R中使用以下命令安装这些必备的R包： ```r install.packages("pheatmap") install.packages("RColorBrewer") install.packages("gplots") ``` 安装完毕后，你可以使用以下步骤在微生信平台上进行热图分析： 1. 登录微生信平台，选择"数据分析"->"单样本分析"->"差异分析"，上传你的表达矩阵和样本信息。 2. 在"差异分析"页面中，选择适当的差异分析方法，进行差异基因筛选。 3. 进入"富集分析"页面，进行富集分析。在"结果展示"中，你可以下载到差异基因的富集分析结果。 4. 找到你感兴趣的富集通路，下载其差异基因列表。 5. 在R中读取差异基因列表，绘制热图。 下面是一个示例代码，可以根据你的实际情况进行修改： ```r # 加载必要的R包 library(pheatmap) library(RColorBrewer) library(gplots) # 读取差异基因列表 diff_genes <- read.table("diff_genes.txt", header = TRUE) # 读取表达矩阵 expr_matrix <- read.table("expr_matrix.txt", header = TRUE, row.names = 1) # 根据差异基因列表筛选表达矩阵 expr_matrix <- expr_matrix[rownames(expr_matrix) %in% diff_genes$GeneID,] # 绘制热图 pheatmap(expr_matrix, cluster_rows = TRUE, cluster_cols = TRUE, scale = "row", show_rownames = FALSE, show_colnames = FALSE, annotation_col = sample_info$group, annotation_colors = brewer.pal(9, "Set1"), color = colorRampPalette(brewer.pal(9, "YlOrRd"))(100)) ``` 这个示例代码使用筛选出来的差异基因列表来选择表达矩阵的子集，并使用`pheatmap`函数绘制热图。你需要将`diff_genes.txt`和`expr_matrix.txt`替换为你的实际文件名，并根据需要调整其他参数。
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