生信豆芽菜-TIDE分析

最新推荐文章于 2024-04-25 22:50:22 发布
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文章标签： r语言 数据挖掘 数据分析
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43949246/article/details/132301944
版权

网址：http://www.sxdyc.com/immuneTideAnalysis
一、TIDE分析

TIDE代表肿瘤免疫功能障碍和排斥，用于评估肿瘤样本基因表达谱中肿瘤免疫逃逸的可能性。
该工具主要有以下功能模块：预测反应（Predict Response）：为每个肿瘤样本计算的TIDE评分可以作为替代生物标记物，预测对免疫检查点阻断的反应，包括黑色素瘤和NSCLC的抗PD1和抗CTLA4。查询基因（Query Gene）：潮汐信号中得分较高的基因也显示了肿瘤免疫逃逸和癌症免疫治疗抵抗的潜在调节因子（Signatures of T cell dysfunction and exclusion predict cancer immunotherapy response）
二、使用方法
1、数据准备
一个全编码蛋白的表达谱基因，其中行为基因，列为样本
在这里插入图片描述

第一列为基因为行名，不能重复
2、选择肿瘤类型等等，这里需要注意是如果数据没有进行scale标准化，则需要选择在是否选择scale上选择yes
在这里插入图片描述

三、结果
运行后直接下载即可
在这里插入图片描述

当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析
在这里插入图片描述

木之如水
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RNA-seq的生信分析可以使用R语言进行。下面是RNA-seq分析的大体步骤和对应的R语言代码： 1. 数据质控： - 质量评估和过滤：使用软件如FastQC和Trimmomatic对测序数据进行质量评估和过滤。 ```R library("ShortRead") library("Rsubread") # 质量评估 qc <- FastqFile("sample.fastq") quality <- qa(qc) # 过滤 filtered <- filterFASTQ(qc, output_file="filtered.fastq", trimVector=TRUE) ``` 2. 数据比对： - 将测序数据比对到参考基因组或转录组上，使用软件如HISAT2和STAR。 ```R library("Rsubread") # 比对到参考基因组 index <- buildindex("genome.fasta", "genome_index") aligned <- align(index, "filtered.fastq", output_file="aligned.bam") ``` 3. 确定基因表达水平： - 使用软件如featureCounts和HTSeq将比对结果转换为基因表达矩阵。 ```R library("Rsubread") # 生成基因表达矩阵 counts <- featureCounts("aligned.bam", annot.ext="gene.gtf", isPairedEnd=FALSE) ``` 4. 差异基因表达分析： - 使用软件如DESeq2和edgeR对基因表达矩阵进行差异基因分析。 ```R library("DESeq2") # 差异分析 dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts, colData=sample_info, design=~condition) dds <- DESeq(dds) results <- results(dds) ``` 以上是RNA-seq生信分析的大体步骤和对应的R语言代码。请根据实际情况对代码进行相应的调整和优化。如果需要更详细的代码和解释，请参考相关的生物信息学教程和文献。

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