翻译小型下游开放阅读框（dORF）增强经典开放阅读框（ORF）的翻译

一、总述：翻译小型下游开放阅读框（dORF）增强经典开放阅读框（ORF）的翻译

1. 背景与目的

近年来，关于每个真核信使RNA（mRNA）仅编码一种蛋白质的传统观点发生了变化。研究发现，在之前被认为是“非翻译区”的mRNA区域，以及长非编码RNA中存在许多小的翻译开放阅读框（ORFs）。这些小型ORFs，包括位于5’ UTR的上游ORFs（uORFs）和3’ UTR的下游ORFs（dORFs），可能具有调控翻译的功能。uORFs通常抑制其对应的经典ORF的翻译，而dORFs的功能则尚不明确。本研究旨在揭示dORFs在翻译调控中的作用。

2. 研究方法

研究通过对人类细胞（HeLa细胞）和斑马鱼胚胎进行核糖体测序和蛋白质组学分析，系统地筛查和鉴定了这些小ORFs。具体而言，研究确定了位于3’ UTR中的dORFs，并分析了这些dORFs对经典ORF翻译的影响。

3. 主要发现

• dORFs的存在与广泛性：大多数蛋白编码的mRNAs都含有至少一个潜在的dORF。具体而言，82.4%的人的mRNAs和86.5%的斑马鱼mRNAs被发现具有dORFs。这些dORFs的翻译可以通过核糖体足迹来证实，表明这些ORFs确实在生物体中被翻译。

• dORFs对翻译效率的影响：与uORFs不同，翻译的dORFs显著提高了其对应经典ORF的翻译效率。研究发现，含有高可信度dORFs的mRNAs具有更高的翻译效率，这种增强效应在所有的dORFs组中普遍存在，包括使用非典型起始密码子（如CTG、GTG、TTG）的dORFs。

• dORFs翻译的必要性：进一步的实验表明，dORFs的翻译本身对于提高经典ORF的翻译效率是必要的，而不仅仅是dORF编码的肽段发挥作用。不同起始密码子的使用（包括非ATG起始密码子）也表明，翻译过程而非特定肽段对调控作用至关重要。

• dORFs的数量与调控强度的关系：研究还揭示，dORFs的数量而非长度是决定其调控强度的关键因素。更多的dORFs与更高的经典ORF翻译效率相关，这暗示了dORFs数量的增加可能通过增强翻译相关因子的招募而提升调控效果。

4. 结论与意义

研究首次系统性地表明，dORFs在脊椎动物中广泛存在并发挥重要的翻译调控作用。这些发现不仅挑战了传统的mRNA翻译调控模型，还提出了dORFs作为新的翻译调控元素的可能性。未来的研究可能会进一步揭示这些小型ORFs在基因表达调控中的具体机制和潜在的生物学功能，尤其是在疾病和特定生理状态下的作用。

这项研究为理解mRNA翻译调控机制提供了新的视角，并可能为未来在相关领域的应用提供新的策略，如通过调控dORF翻译来影响基因表达水平。

二、在该文献中，非典型起始密码子（如CTG、GTG、TTG）的dORFs被系统地研究，以了解它们在翻译调控中的角色。以下是主要发现：

1. 非典型起始密码子普遍存在：研究发现，除了典型的ATG起始密码子外，许多dORFs使用非典型的起始密码子CTG、GTG和TTG。这表明翻译的启动并不仅限于传统的ATG起始密码子。

2. 翻译的证据：通过核糖体足迹分析，发现大量使用非ATG起始密码子的dORFs也存在翻译的证据。这些非典型起始密码子的dORFs同样显示了核糖体足迹的3核苷酸周期性分布，这是活跃翻译的标志。

3. 调控作用：研究进一步探讨了非典型起始密码子的dORFs对经典ORF翻译效率的影响。结果显示，这些dORFs同样能够显著提高经典ORF的翻译效率。这一现象在不同的细胞类型和实验条件下得到了广泛验证。

4. 非典型起始密码子的功能性：实验表明，使用非ATG起始密码子的dORFs翻译同样需要实际的翻译过程，而不是仅由mRNA序列本身驱动。因此，非ATG起始密码子的dORFs与ATG起始的dORFs一样，具有实际的生物学功能。

综上所述，文献表明非典型起始密码子的dORFs在调控基因翻译中起到了类似于典型ATG起始密码子的作用，且这种调控作用不仅广泛存在于各种生物中，也在多个基因表达系统中表现出一致性。这些发现为理解mRNA翻译的多样性和复杂性提供了新的视角。

三、在这篇文献中，作者对人类和斑马鱼中的下游开放阅读框（dORFs）进行了比较研究，以下是主要的比较内容：

1. dORFs的普遍性：

   • 在人类和斑马鱼的转录组中，dORFs的存在非常普遍。研究发现，82.4%的人类mRNAs和86.5%的斑马鱼mRNAs含有至少一个潜在的dORF【70†source】。

2. 翻译证据：

   • 使用核糖体剖析数据，作者分析了人类HeLa细胞（在S期）和斑马鱼胚胎（受精后12小时）的dORFs翻译证据。结果显示，人类细胞中有1406个dORFs，斑马鱼胚胎中有1153个dORFs显示出翻译活动【70†source】。

3. 序列保守性：

   • 尽管dORFs的氨基酸序列在跨物种之间并不保守，但dORFs的存在在同源基因中是保守的。在研究中，123个人类和斑马鱼同源基因中均检测到了dORFs，显示出显著的保守性（与随机分布的80个基因相比，P < 2.2e-16）【70†source】。

4. 功能与表达效率：

   • 与上游开放阅读框（uORFs）通常抑制主要ORFs的翻译不同，dORFs的翻译增强了对应主要ORFs的翻译效率。实验结果表明，含有高置信度ATG翻译的dORFs的mRNAs在人体和斑马鱼中均显示出更高的翻译效率【70†source】。

5. dORFs的调控机制：

   • dORFs可能通过新核糖体的招募而非核糖体读通来进行翻译。实验结果支持iUTRs（内部未翻译区）可能包含招募翻译因子的调控信息，从而促进dORFs的翻译，进而增强主要ORFs的翻译【70†source】。

6. 翻译增强效应的比较：

   • dORFs在不同的数据集中显示出一致的翻译增强效应，这种效应类似于微RNA（microRNAs）和m6A介导的调控。这种增强效应在不同细胞类型和条件下的表现一致，表明dORFs在脊椎动物中可能是一种普遍的翻译调控机制【70†source】。

综上所述，这篇研究揭示了人类和斑马鱼中dORFs的广泛存在和翻译调控功能，强调了这些小ORFs在不同物种中发挥的保守作用。