16S样品拼接

扩增子的测序数据的拼接软件有很多，这里简单举下flash 操作例子(执行快)

原理：基于序列overlap关系进行拼接（可参考：http://www.360doc.com/content/18/0222/19/19913717_731533203.shtml）

flash -q -c -M 100 -x 0.2 split.reads_01.fastq split.reads_02.fastq> merge.reads.fastq

    -q : --quiet
    -c : --to-stdout
    -M : --max-overlap 
    -x : --max-mismatch-density  (Default: 0.25)

## 注意的是-M 根据测序策略和16 突变区的大小决定 V4 长度约为290bp。（选择80~100）

软件的文献阅读、下载

参考文献：PMID:21903629

https://sourceforge.net/projects/flashpage/files/