（4）Metawrap宏基因组分箱

因为我的地衣里面东西很多，有地衣型真菌，藻，内生的细菌，内生真菌，所以老师建议二代测了30G结果要当成宏基因组数据看待，进行分箱~

一、Metawrap分箱

$ nohup metawrap binning -o INITIAL_BINNING -t 8 -a /ifs1/User/wuqi/Qxy/qxycexu/BJ/BJoutput/scaffolds.fasta --metabat2 --maxbin2 --concoct BJclear_1.fastq BJclear_2.fastq &

#用metawrap进行宏基因组分箱 -o 输出文件目录 -t 调用线程 -a 宏基因组组装好的fasta格式文件 选用三种方法metabat2、maxbin2、concoct 
#最后还要加上用于组装的数据（本次用的是经过trimmomatic质控后的clear数据），而且！！格式一定要改成XX_1.fastq  XX_2.fastq格式！！！
#挂nohup后台运行一下

Options:

    -a STR          metagenomic assembly file
    -o STR          output directory
    -t INT          number of threads (default=1)
    -m INT        amount of RAM available (default=4)
    -l INT        minimum contig length to bin (default=1000bp). Note: metaBAT will default to 1500bp minimum

    --metabat2      bin contigs with metaBAT2
    --metabat1    bin contigs with the original metaBAT
    --maxbin2    bin contigs with MaxBin2
    --concoct    bin contigs with CONCOCT

    --universal    use universal marker genes instead of bacterial markers in MaxBin2 (improves Archaea binning)
    --run-checkm    immediately run CheckM on the bin results (requires 40GB+ of memory)
    --single-end    non-paired reads mode (provide *.fastq files)
    --interleaved    the input read files contain interleaved paired-end reads

##bin之后的结果文件  
#insert_sizes.txt 样本量统计和估计的建库时文库片段大小  
#concoct_bins    maxbin2_bins  metabat2_bins 三个目录为三种bin的结果
#work_files有三种bin分析所需要的文件，如不同格式的bin覆盖度或丰度信息

# 一般con和max分箱结果会稍好一些，max分箱结果会少一些，一般就菌和藻俩箱子

# 菌一般20~30M左右，藻一般50~60M大小

二、分箱后提纯

$ nohup metawrap bin_refinement -o BIN_REFINEMENT -t 8 -A INITIAL_BINNING/metabat2_bins/ -B INITIAL_BINNING/maxbin2_bins/ -C INITIAL_BINNING/concoct_bins/ -c 70 -x 5 &

#bin之后的分析提纯，三种结果整合 #要在有INITIAL_BINNING文件夹的目录下用这个指令  运行慢，挂后台！！！
#-o输出目录；-t线程数；-A/B/C三种Bin结果；-c完整度阈值；-x污染率阈值
#结果目录中有三个原始bin的结果与统计。metaWRAP目录包含最终结果。如果想查看中间文件见Binning_refiner目录(我没找到)。
#.stat文件包含每个bin的统计：完整性、污染率、GC含量、物种、N50、大小和来源

# 这个分箱提纯老报错，显示无法提纯，checkM结果为0，是因为软件的问题，就不用纠结了