Microbiome | 宏基因组测序中减少样品中真核宿主的DNA污染

Microbiome | 宏基因组测序中减少样品中真核宿主的DNA污染

文献导读

与16S rRNA测序相比，使用鸟枪法宏基因组测序不仅可以更加深入地了解样本中微生物的分类和功能，也可以避免PCR扩增带来的偏差。然而，对于来源于真核宿主的样本来说，宿主DNA的污染不可避免。因此，使用鸟枪法进行微生物宏基因组测序时，测序深度往往会受到很大影响。如果能在测序之前去除样本中的宿主DNA，使用鸟枪法对微生物组测序的优势会进一步扩大。
目前清除宿主DNA的方法主要分为两类，分别需要在提取样品DNA之前和之后进行操作。前者通常需要两个步骤，即首先选择性裂解哺乳动物细胞，再使用酶法去除暴露的DNA，只留下微生物细胞进行下游分析。这种方法通常需要对样品进行多步洗涤操作，因此在清除宿主DNA的同时也会影响细菌群体的组成。第二种方法则在提取样品中的全部DNA之后，针对在真核生物中更常见的甲基化核苷酸进行操作。然而，当样品中存在于与宿主甲基化模式相似的真核微生物时，选择这种方法也将对微生物群落的构成造成影响。
本文作者优化了一种化学方法来达到清除真核宿主DNA的目的，即在选择性裂解宿主细胞后，通过PMA(propidium monoazide)与暴露的DNA结合，从而避免宿主DNA参与测序。

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