单细胞转录组分析R包安装

最新推荐文章于 2024-07-03 17:32:03 发布
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在进行单细胞转录组分析前，需先在R语言环境中安装必要的R包。这包括从CRAN安装的基础包，通过Bioconductor获取的包，以及使用devtools安装的包。正确配置CRAN镜像源和Bioconductor镜像源是关键步骤。参考提供的链接可以找到详细的CRAN镜像列表和Bioconductor镜像源信息。
摘要由CSDN通过智能技术生成

下载了R语言和Rstudio以后，要进行单细胞转录组分析，首先要下载安装单细胞转录组分析所需的R包，这些包分为用install.package命令可以直接从CRAN下载安装的基础包、用BioManager::install命令从bioconductor下载的包、用devtools下载安装的包。

首先，从tools->global options->packages->primary CRAN repository更改合适的CRAN源，下载安装基础包：

CRAN的镜像列表参见网站：https://cran.r-project.org/mirrors.html

# 安装基础包
install.packages("devtools", dependencies=T)
install.packages("BiocManager", dependencies=T)
install.packages("tidyverse", dependencies=T)
install.packages('Seurat', dependencies=T)

其次，更改合适的B

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newjean
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