关于fastANI如何进行分析的步骤以及可视化

1. 运行fastANI：ANI.txt就是自己的每个文件的路径都放到第一列，每个文件路径都放一行，保存在该文件。之后运行：fastANI --ql ANI.txt --rl ANI.txt -o output.txt -t 10 --matrix
2. 一般咱们可能用的比较多的fastANI分析都是多对多 因此获取的是一个下三角矩阵需要把它补充完整 先把这个在fastANI软件运行获取结果.matrix格式文件
3. matrix矩阵我可能直接修改格式名称转换成.xlsx格式的文件，但是由于pycharm可能识别报错，所以会打开.xlsx表格把里面的内容重新复制一次
4. python 读取excel表格 下三角形补充为对称矩阵

import openpyxl as xl
wb1 = xl.load_workbook('input.xlsx')# 需要读取文件路径，需要修改成自己文件的路径
sheet1 = wb1.active
# 创建新的workbook对象
wb2 = xl.Workbook()
sheet2 = wb2.active
# 循环遍历原来的表格
for i in range(1, sheet1.max_row + 1):
    for j in range(1, sheet1.max_column + 1):
        if i > j:
    	# 新的表格赋值对称赋值
            sheet2.cell(row=i, column=j).value = sheet1.cell(row=i, column=j).value
            sheet2.cell(row=j, column=i).value = sheet1.cell(row=i, column=j).value
        # 对角线赋值
        elif i == j:
            sheet2.cell(row=i+1, column=j+1).value = 100
        else:
            continue
# 生成的文件
wb2.save('output.xlsx')

4. 使用R语言导入excel绘制热图
   第一种：

install.packages("xlsx")
install.packages("pheatmap")
library(xlsx)#导入包名 如果没有下载此包 可以通过此类方式在线安装：#install.packages("xlsx")
df1<-read.xlsx("E:\\python\\output.xlsx",#这里写文档路径
               sheetName = "Sheet",# 文档表格名字
               row.names=1)#第一行作为名称
library(pheatmap)
pheatmap(df1,
         fontsize = 10,#字体大小
         # fontface="italic",#斜体,其中'font'和'fontface'两个量只能设定一个
         fontfamily= "Calibri",#字体类型
         border=FALSE,#边框
         color = colorRampPalette(c( "#7272FF","#AAE4E4", "#FCE4E4"))(50),#字体颜色
         filename ="pheatmap1.png" )#导出为图片

第二种：pheatmap导出排序后的excel文件

install.packages("xlsx")
install.packages("pheatmap")
library(xlsx)
df1<-read.xlsx("E:\\python\\ANI.xlsx",
               sheetName = "Sheet",
               row.names=1)
library(pheatmap)

list <- pheatmap(df1,
         fontsize = 10,
         # fontface="italic",#斜体,其中'font'和'fontface'两个量只能设定一个
         fontfamily= "Calibri",
         border=FALSE,#边框
         color = colorRampPalette(c( "#7272FF","#AAE4E4", "#FCE4E4"))(50),
         filename ="E:/pheatmap2.png"
         )
neworder <- df1[list$tree_row$order,list$tree_col$order]
write.csv(neworder, file="E:/list.csv")