【失败日志】fastANI(for dRep)的安装遇到的依赖项问题

作者描述了在尝试使用fastANI时遇到的问题,包括版本兼容性问题和依赖查找失败。最终转向ANImf并提到在conda环境下安装1.3.1版本fastANI的困难。
摘要由CSDN通过智能技术生成

总而言之,fastANI的尝试暂告失败,于是我放弃了,选择使用ANImf

也即使用命令:

time dRep dereplicate dRep_file -g bins_all/* -p 40 --S_algorithm ANImf -comp 90 -con 5

然后发现对于我bins的90完整度5污染程度(输入即是这样,因为已经提前checkm了),0.95的相似度,并没有哪个冗余被去除了。

记录一下失败的挣扎历程

dRep的安装

我的dRep是pip install安装的,安完就直接跑了,跑了几个小时后发现fastANI未找到(如果环境中没有mash同样会卡住哈,而且mash的报错会比fastANI先出现,我mash后面也是用conda安装的,没有问题)。但输入dRep check_dependencies之后,发现能够找到fastANI的location,但是fastANI的check仍然是ERROR。

查看issue 

找不到快速ANI文件错误 ·问题 #210 ·奥姆先生/德雷普 ·GitHub

 发现建议把fastANI版本降到1.3.1

我原先的fastANI是conda装的(1.3.4),(这个fastANI似乎没有参数可以从终端调出版本号)

先运行conda remove --name dRep fastani把1.3.4版本卸了,但不知为何在卸载的输出中这里显示的是1.1?

Fastani :: Anaconda.org(这是最新版本1.3.4)

1.3.1版本的历史发行↓

Releases · ParBLiSS/FastANI (github.com)

然而愚蠢的我不会用cmake,而且我的服务器没有找到boost。。。make之后在FastANI-1.31文件夹中fastANI也调用不起来。。若有善心人士可以在回复里教教教我的话不胜感激。。。从网上直接下载二进制的fastANI文件替换也不行。

所以我仍然在conda中寻求解决方法

总之,conda search fastani -c bioconda,找到conda有的fastani的版本。

 conda install fastani=1.31 -c bioconda

也遇到conflict不成功

dRep checkm是dRep软件的一个命令,用于检查基因组的完整性和质量。在运行dRep checkm命令时,会检查一些依赖软件安装情况,如mash、nucmer、ANIcalculator、centrifuge、nsimscan和fastANI。如果这些软件没有正确安装或位置不正确,dRep checkm命令会显示错误信息。\[1\] 另外,在dRep还有其他一些命令可以用于去除基因组目录的冗余。例如,可以使用dRep dereplicate命令以一定的ANI阈值对基因组进行聚类,并将相似度较高的基因组放入物种级别的次要集群。要去冗余基因组,可以使用以下命令:dRep dereplicate -p {threads} {params.outdir} -g {params.indir}/*.fa -pa 0.90 -sa 0.95 -nc 0.30 -cm larger --genomeInfo {input.checkm} -comp 50 -con 5。其,pa参数表示主要集群的ANI阈值,sa参数表示次要集群的ANI阈值。\[2\] 此外,还可以使用bwa和samtools等工具对基因组进行比对和排序。例如,可以使用bwa mem命令将基因组比对到参考序列上,并使用samtools进行排序和索引。具体命令如下:bwa index {input.catalog}、bwa mem -t {threads} {input.catalog} {input.fwd} {input.rev} | samtools view -bS - | samtools sort -@ {threads} -o {params.alignedsorted}、samtools index {params.alignedsorted}、samtools flagstat {params.alignedsorted} > {output.flagstat}。\[3\] #### 引用[.reference_title] - *1* [dRep学习笔记](https://blog.csdn.net/dunghill_cock/article/details/124682718)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* *3* [Nature子刊:宏基因组挖掘原核基因组的分析流程](https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/118124686)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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