总而言之,fastANI的尝试暂告失败,于是我放弃了,选择使用ANImf
也即使用命令:
time dRep dereplicate dRep_file -g bins_all/* -p 40 --S_algorithm ANImf -comp 90 -con 5
然后发现对于我bins的90完整度5污染程度(输入即是这样,因为已经提前checkm了),0.95的相似度,并没有哪个冗余被去除了。
记录一下失败的挣扎历程
dRep的安装
我的dRep是pip install安装的,安完就直接跑了,跑了几个小时后发现fastANI未找到(如果环境中没有mash同样会卡住哈,而且mash的报错会比fastANI先出现,我mash后面也是用conda安装的,没有问题)。但输入dRep check_dependencies之后,发现能够找到fastANI的location,但是fastANI的check仍然是ERROR。
查看issue
找不到快速ANI文件错误 ·问题 #210 ·奥姆先生/德雷普 ·GitHub
发现建议把fastANI版本降到1.3.1
我原先的fastANI是conda装的(1.3.4),(这个fastANI似乎没有参数可以从终端调出版本号)
先运行conda remove --name dRep fastani把1.3.4版本卸了,但不知为何在卸载的输出中这里显示的是1.1?
Fastani :: Anaconda.org(这是最新版本1.3.4)
1.3.1版本的历史发行↓
Releases · ParBLiSS/FastANI (github.com)
然而愚蠢的我不会用cmake,而且我的服务器没有找到boost。。。make之后在FastANI-1.31文件夹中fastANI也调用不起来。。若有善心人士可以在回复里教教教我的话不胜感激。。。从网上直接下载二进制的fastANI文件替换也不行。
所以我仍然在conda中寻求解决方法
总之,conda search fastani -c bioconda,找到conda有的fastani的版本。
conda install fastani=1.31 -c bioconda
也遇到conflict不成功