FastANI：安装与使用

已于 2024-01-13 13:59:04 修改
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文章标签： 数据分析
于 2024-01-13 13:58:19 首次发布
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版权 
wget https://github.com/ParBLiSS/FastANI/releases/download/v1.34/fastANI-linux64-v1.34.zip
unzip fastANI-linux64-v1.34.zip
（完整路径）/FastANI/fastANI -h
#{ref_assembly_txt} 和 {quary_assembly_txt} 是包含基因组路径的文件，每行一个。
（完整路径）/FastANI/fastANI --rl {ref_assembly_txt} --ql {quary_assembly_txt} -t 180 -o output.txt

https://github.com/ParBLiSS/FastANI

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FastANI:快速全基因组相似度（ANI）估计
05-12
FastANI FastANI专为快速，无比对的全基因组平均核苷酸识别（ANI）计算而开发。 ANI被定义为两个微生物基因组之间共有的直系同源基因对的平均核苷酸同一性。 FastANI支持完整和草图基因组装配的成对比较。 它的基本过程遵循与所述类似的工作流程 。 但是，它避免了昂贵的序列比对，并使用作为其基于MinHash的序列映射引擎来计算直系同源映射和比对身份估计。 根据我们对完整基因组和原始基因组进行的实验，其准确性与相当，并且可实现2到3个数量级的加速。 因此，对于大量基因组对的成对ANI计算是有用的。 有关其速度，准确性和潜在应用的更多详细信息，请参见此处：“ ”。 下载并编译 从Github复制该软件，然后按照编译代码。 还有一个选项可以通过下载适用于Linux或OSX的无依赖关系的二进制文件。 使用摘要 产生帮助页面。 快速检查软件使用情况和可用的命令行选项。 $ ./fa
fastANI的安装与使用
m0_70166478的博客
06-03 2409
FastANI专为全基因组平均核苷酸身份（ANI）的快速无比对计算而开发。ANI被定义为两个微生物基因组之间共享的直系同源基因对的平均核苷酸身份。FastANI支持完整基因组组装体和草图基因组组装体的成对比较。其基本过程遵循与。
fastANI-基因组平均核酸一致性（ANI）计算
Neptuneyut的博客
11-12 1605
(gtdbtk) [yutao@myosin Eisenbacteria]$ head fa.id GCA_001780165.1_genomic.fa GCA_003235575.1_genomic.fa GCA_005893165.1_genomic.fa GCA_005893185.1_genomic.fa GCA_005893225.1_genomic.fa GCA_005893265.1_genomic.fa GCA_005893275.1_genomic.fa GCA_005893295.1_g
ANI计算汇总
weixin_43799332的博客
07-25 3343
对现有的ANI（平均核苷酸相似度）的在线工具和软件进行汇总和总结
ANI-平均核苷酸一致性
songyi10的博客
07-01 1万+
ANI-平均核苷酸一致性 ANI DDH(DNA-DNA hybridization)DNA分子杂交-曾经作为基因组水平上的原核物种界定的黄金标准已经被使用了将近50年。它作为唯一的提供数字化和相对稳定物种界定的分类学方法，它对现在的分类方法有着重要的影响地位。但是，现在的基因组学时代，DDH显得有点过时了。两个基因组间ANI(average nucleotide identity)由于最能反映DDH，是一种不错的分类的方法。 物种的概念大概由2,400年前的 Aristotle（亚里士多德）提出来的
关于fastANI如何进行分析的步骤以及可视化
weixin_44750594的博客
08-22 354
fastANI分析
fastani-app：fastani应用程序的源代码
02-25
在Fastani-app的源代码中，我们可以看到这些特性的实际应用，如使用lambda表达式进行函数式编程，以及通过Anko库简化Android的UI编程。 Fastani-app的源代码结构通常会包含多个模块，每个模块负责不同的功能。例如...
Archive:存档所有工具和管道
04-06
FastANI ：计算全基因组平均核苷酸身份（ANI）。 Kostas_lab_ANI ：使用两个基因组数据集之间的最佳匹配（单向ANI）和相互匹配的最佳匹配（双向ANI）来估计平均核苷酸同一性。 MAFFT ：用于基于渐进比对算法创建多...
galaxy-tools:Quadram Institute编写的与星系配合使用的生物信息学工具的集合
05-03
Quadram Institute编写的与配合使用的生物信息学工具的集合 总计：30个工具 NCBI抗菌素耐药基因发现仪Plus 比较TraDIS分析 BBMap是一个简短的阅读工具，以及其他各种生物信息学工具 使用Hi-C从宏基因组学数据中...
fastai环境配置
01-06
文章目录fastai环境配置安装python环境配置国内镜像链接fastai的安装 安装python环境 为了方便，直接打包安装Anaconda，在镜像地址中找到合适的版本，我安装的是Anaconda3的最新版本。 解压后开始安装-next 选择管理...
ClonalOrigin:使用全基因组序列推断细菌中的同源重组
05-20
克隆起源 介绍 与我们不同，细菌可以自行繁殖。 但是，它们确实具有在生物体之间转移DNA的机制，这一过程更正式地称为重组。 在实验室中已经广泛研究了发生重组的机制，但是关于在自然细菌种群中如何，何时何地进行重组以及如何帮助其适应新环境仍有许多尚待理解。 ClonalOrigin对细菌基因组样本的序列进行比较分析，以重建其祖先发生的重组事件。 下文介绍了ClonalOrigin： Didelot X，Lawson D，Darling A，Falush D（2010）使用全基因组序列推断细菌中的同源重组。 遗传学186（4），1435-1449 doi：10.1534 / genetics.110.120121 用法 有关如何下载和安装ClonalOrigin的说明，请参见： : 有关安装后如何使用ClonalOrigin的说明，请访问： : 估计重组过程中的偏倚强度 与自由重
【失败日志】fastANI(for dRep)的安装遇到的依赖项问题
youfeng_xjy的博客
10-28 316
我的dRep是pip install安装的，安完就直接跑了，跑了几个小时后发现fastANI未找到（如果环境中没有mash同样会卡住哈，而且mash的报错会比fastANI先出现）。总之，conda search fastani -c bioconda，找到conda有的fastani的版本。我原先的fastANI是conda装的（1.3.4），（这个fastANI似乎没有参数可以从终端调出版本号）之后，发现能够找到fastANI的location，但是fastANI的check仍然是ERROR。
fastai学习笔记——安装
m_zwa的博客
05-10 921
虽然说是推荐linux，windows可能有bug，但是我还是没办法只用linux win10+anaconda python=3.7 安装很简单 conda install -c fastchan fastai anaconda 好了也没发现有啥问题 测试torch是否可用 import torch cuda.test.is_available() True ...
第二篇：使用Fastai：Anaconda安装及运行（Ubuntu）、pytorch安装、fastai安装、Jupyter远程配置
kallalaldjkf的博客
11-09 2418
官网下载对应.sh文件（Anaconda对应版本号） ubuntu本地bash <xx.sh>，过程中选择默认路径（没特殊要求的话），microsoft vscode可以选择no（用的话选yes） 安装完成之后 conda --verson 显示 not found，vim ~/.bashrc，最后一行加上export PATH="<anaconda的安装路径>/bin:...
FastDFS学习总结
Anitony
12-16 294
一、什么是FastDFS? FastDFS是用c语言编写的一款开源的分布式文件系统。FastDFS为互联网量身定制，充分考虑了冗余备份、负载均衡、线性扩容等机制，并注重高可用、高性能等指标，使用FastDFS很容易搭建一套高性能的文件服务器集群提供文件上传、下载等服务。 二、FastDFS架构         Fast架构包括Tracker server 和Storage server...
GTDB：基因组分类数据库，物种注释和进化树构建工具GTDB-tk
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刘永鑫的博客——宏基因组公众号
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简介基因组分类数据库：GENOME TAXONOMY DATABASE网址：https://gtdb.ecogenomic.org/ 该数据库已经于2018/2020连续发表两篇Natu...
windows7 安装fastai简易教程
叫我咸鱼就好
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1、关于fastai 2018年，伴随着 PyTorch 开发者大会的召开，PyTorch 1.0 预览版也终于和大家见面。随之发布的还有 fastai 深度学习库，fastai 并不是简单意义上的将 Pytorch 封装了一遍，该学习库相当于 Keras 之于 TensorFlow。Keras 将 TensorFlow 的强大性易用化，而 fastai 也一样，fastai 提供简单易用的 AP...
在macOS的终端上使用conda安装软件时的镜像无效问题处理
weixin_45683662的博客
09-01 2751
在macOS的终端上使用conda安装软件时的镜像无效问题处理 事先声明 我是代码小白，非生物信息学科班出身，但是对分析数据很感兴趣，也的确有需求，求人不如求己，师兄总是教育我：“自己动手丰衣足食”，所以，时而放弃，时而接续。 以下内容非转载非照抄，都是自己亲身经历的，仅供参考，如有建议还请大佬们多多指点小弟，谢谢。 conda安装 这个就不再赘述了，网上有很多教程，图形化界面的或者命令行模式的版本都有，按需索取即可，声明一下，我这里安装的是anaconda3，电脑版本为2017年的MacBook Air（
Fastai安装
weixin_43908673的博客
07-17 7927
本文为译文，主要介绍安装问题。Fastai github原文地址：https://github.com/fastai/fastai/blob/master/README.md#is-my-system-supported 注意事项:fastai v1目前只支持Linux，并且需要PyTorch v1和Python 3.6或更高版本。Windows还处于试验阶段:应该可以很好地工作，但还没有全面的测...
PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels: - fastani=1.32
最新发布
12-30
PackagesNotFoundError是Anaconda中的一个错误，它表示所需的软件包在当前的软件包通道中不可用。这可能是由于以下原因之一导致的： 1. 软件包不存在：所需的软件包可能没有在您当前的软件包通道中提供。您可以尝试切换到其他软件包通道或手动下载并安装软件包。 2. 软件包版本不匹配：您指定的软件包版本可能与当前的软件包通道不兼容。您可以尝试使用其他版本的软件包或更新您的软件包通道。 对于您提到的fastani=1.32，如果它在当前的软件包通道中不可用，您可以尝试以下方法来解决PackagesNotFoundError： 1. 切换软件包通道：您可以尝试切换到其他软件包通道，例如conda-forge或默认的Anaconda软件包通道。您可以使用以下命令切换到conda-forge通道： ```shell conda config --add channels conda-forge ``` 然后尝试安装fastani=1.32： ```shell conda install fastani=1.32 ``` 2. 手动下载并安装软件包：如果您知道fastani=1.32的whl文件的下载链接，您可以手动下载该文件并使用以下命令进行安装： ```shell pip install /path/to/fastani-1.32.whl ``` 请注意，您需要将"/path/to/fastani-1.32.whl"替换为实际的whl文件路径。 3. 更新软件包通道：您可以尝试更新您的软件包通道以获取最新的软件包信息。您可以使用以下命令更新软件包通道： ```shell conda update --all ``` 这将更新所有已安装的软件包及其依赖项。

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