在运行CNVnator时,做到第二步运行命令:
cnvnator -root chr14.root -tree chr14.bam -unique
出现了这样的提示信息:
Can’t open file with chromosome sequence.
No chromosome/contig information parsed.
Sequence length(0) is different from expection (10478182)for 'chr14’
这个问题让我想了一段时间,后来发现问题,只要将之前进行比对的**.fa文件**放在这个文件夹下就可以。