使用CNVnator进行CNV检测

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CNVnator是一款CNV检测软件，基于Read-Depth的分析策略，通过对全基因组测序数据进行分析来预测CNV, 源代码保存在github上，网址如下

https://github.com/abyzovlab/CNVnator

这个软件的安装比较复杂，我这里直接使用别人装好的docker镜像进行处理，这也是docker的方便之处，直接从源中下载别人已经装好的cnvnator的镜像，代码如下

docker pull diploid/cnvnator

具体的分析步骤如下

1.  EXTRACTING READ MAPPING FROM BAM/SAM FILES

CNVnator中依赖ROOT这个软件包，这个软件包是专门针对大数据的处理进行开发的，提供了统计分析，可视化，数据存储等一系列功能，基于这个体系可以极大的加快运行速度，所以将原始的信息都存在root文件中，便于分析。

这一步将比对的信息存储到后缀为root的文件中，代码如下

cnvnator -root file.root -tree chr1.bam  -chrom 1

-tree参数指定输入的bam文件的名称，-root文件指定输出的root文件的名称，-chrom指定需要分析的染色体，默认情况下分析所有的染色体，这里我是