2021.3.11丨CNVnator结构变异分析使用方法

• 春节过后积压了很多项目，疯狂做项目导致将近半个月没有写博客，这周终于有空进行一些梳理。本次介绍的工具是CNVnator，这个工具是由于Integration Site Analysis项目需要找到插入位点，领导推荐了几个工具，其中就包含CNVnator。
• 下载安装
  • 预装依赖包：
    • ROOT、samtools、hstlib
  • Anacongda/miniconda安装：

    conda install cnvnator

    • 最方便快捷，如果连接超时，建议单独创建一个环境用于安装cnvnator，可以缩短conda配置环境的时间，避免超时

    • conda create -n cnvnator cnvnator

       

  • 下载安装：

    • git clone https://github.com/abyzovlab/CNVnator.git
      cd CNVnator
      ln -s /path/to/src/samtools samtools #这里添加的samtools文件夹是hstlib里面的samtools文件夹路径，不是工具本身的文件夹路径
      make

       

    • 配置较为复杂
  • 两种方式我都尝试过，一般优先考虑第一种，在反复连接超时的情况下不得已下载源码，但是安装时各种报错。主要是工具要求依赖包需要在工具的子目录下，也就是说除了samtools要加软链接，root和hstlib都需要添加，而且还有指定在某个文件夹内，估计是版本升级原因，依赖包的部分文件所在路径发生了变化，增加了很多时间。后来倒回来重新创建了环境，安装cnvnator，终于安装上。
• 使用步骤
  • Extract read mapping

    • cnvnator -root all_sgRNA.root -genome hg38 -tree HspCas9PBsgRNA16_FDSW210056666-1r.bam

       

    • #提取比对后的reads，构建树，该步骤要求执行文件夹内只能有一个root文件，如果在已有一个root文件的基础上重新生成另一个root，哪怕不重名也会报错，另外，可以添加 -chrom 函数指定染色体 如 -chrom 1 2 代表选择1，2号染色体
  • Generate histogram

    • cnvnator -root all_sgRNA.root -genome hg38 -his 1000 -fasta chr.fa (-fasta可替换-d ref/chr.fa )

       

    • #生成直方图，-his 后面的数值代表最小单位，如果染色体长度有上千万bp，建议选择1000以上。需要注意的是该步骤需要将参考基因组.fa文件置于当前文件夹。之前我参考其他教程使用 -d ref/chr.fa 是会发生报错的。参考博客：CNVnator -his过程中找不到序列
  • Calculate statistics

    • cnvnator -root all_sgRNA.root -genome hg38 -stat 1000

       

    • #根据直方图频率进行统计，-stat 后的数值必须与-his 相同
  • Partition

    • cnvnator -root all_sgRNA.root -genome hg38 -partition 1000

       

    • #按照1000bp长度单位进行分割
  • Call CNVs

  • cnvnator -root all_sgRNA.root -genome hg38 -call 1000 > cnvout.txt

    • 变异检测，并输出结果
• 结果展示
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  • 直接引用结果说明
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• 总结，CNV能检测的只有deletion和duplication两种类型，领导认为客户可能还是需要找到insert位点，因此还需要继续尝试其他工具。