2021.3.11丨CNVnator结构变异分析使用方法

• 春节过后积压了很多项目，疯狂做项目导致将近半个月没有写博客，这周终于有空进行一些梳理。本次介绍的工具是CNVnator，这个工具是由于Integration Site Analysis项目需要找到插入位点，领导推荐了几个工具，其中就包含CNVnator。
• 下载安装
  • 预装依赖包：
    • ROOT、samtools、hstlib
  • Anacongda/miniconda安装：

    conda install cnvnator

    • 最方便快捷，如果连接超时，建议单独创建一个环境用于安装cnvnator，可以缩短conda配置环境的时间，避免超时

    • conda create -n cnvnator cnvnator

       

  • 下载安装：

    • git clone https://github.com/abyzovlab/CNVnator.git
      cd CNVnator
      ln -s /path/to/src/samtools samtools #这里添加的samtools文件夹是hstl