基于全基因组测序数据鉴定结构变异的四大类方法总结

本文介绍了基于全基因组测序数据鉴定结构变异的四种主要方法:paired-end mapping, split read mapping, depth of coverage 和 assembly-based approach,并分析了各自适用的变异类型、优势与局限性,强调了结合多种方法提高检测精度的重要性。" 89597259,6778066,程序员求职全攻略:从校招到社招,"['程序员', '求职', '招聘', '内推', '简历']

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不同类型的基因组变异示意图(图片来源:labspaces)


上次给大家总结介绍了基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的鉴定方法,今天给大家介绍结构变异(structural variations,SV)的种类及基于基因组测序数据的鉴定方法。

因为结构变异是造成物种表型差异的一个重要原因,且与各类疾病,特别是癌症的发生、发展紧密相关,因此研究结构变异非常重要。

结构变异通常是指长度大于1Kb的基因组序列变异,包括多种不同的类型:插入(insertion)、缺失(deletion)、反转(inversion)、异位(translocation)、拷贝数变异(copy number variation,CNV或者duplication)(更多精彩请关注微信公众号:AIPuFuBio)。

具体如下示意图所示:

不同类型结构变异的示意图(图片来源:Alkan et al.,

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