线粒体和叶绿体的基因组特点_叶绿体和线粒体基因组的组装研究

原标题：叶绿体和线粒体基因组的组装研究

小基因组的重要意义

对于基因组组装，我们再熟悉不过了，核基因组de novo已是经典，然而，线粒体和叶绿体小基因组的研究也不容小觑。由于叶绿体和线粒体基因组的高度保守性，它的遗传形式多样而以母系遗传为主,在组织培养和体细胞杂交中具有稳定性强,单亲遗传的特点。对于研究叶绿体或线粒体基因组的突变或结构变异的信息挖掘，在研究植物进化，分类，遗传多样性等方面有重要的意义，对小基因组进行基因注释，是探讨植物光合作用机理，植物能量代谢，植物抗氧化及次生代谢的基础。

前段时间，小编做了某作物的叶绿体和线粒体基因组的组装，整理了一下拼接方法，分享给需要的小伙伴儿！

拼接方法基本简介

线粒体和叶绿体基因组均属于小基因组，动物线粒体一般为10~39kb,植物中线粒体大小差别较大，一般100kb以上。我们通过比对已经发表的近缘物种的线粒体基因组来获得研究物种的测序reads，之后再利用常用的小基因组拼接软件进行组装，这里小编推荐两款组装软件。

第一款软件，效果相比处理要好一些，而且简单方便，从reads到组装结果一键式完成。软件名称：ARC (Assembly by Reduced Complexity)，网址：http://ibest.github.io/ARC/

这个软件也是通过reads与近缘物种的线粒体序列比对来提取reads并组装，但优化的地方在于，第一次组装之后，使用组装出来的序列替代了参考的线粒体序列，并迭代进行比对、提取、拼接等步骤，用以延伸每次组装得到的结果，最终得到完整的序列