Plink提取tagSNPs

Plink提取tagSNPs

1）识别haplotype block

在提取tagSNPs之前需要先识别haplotype block，这一步的代码很多教程里都给了出来：

plink --file mydata --blocks

这里的mydata是由vcf文件经过plink转换来的，
如果是ped/map格式的文件(mydata.ped/mydata.map)，就用**–file**
如果是bed/fam格式的文件(mydata.bed/mydata.fam)，就用**–bfile**

当我自己运行的时候出现了小问题（好像是因为表型的问题），文件不能正确的输出，根据软件给出的的提示加入参数：no-pheno-req

修改后的代码为：

plink --file mydata --blocks no-pheno-req

这一步输出两个文件，分别是plink.blocks和plink.blocks.det