plink --fast-epistasis 只能分析二分类的表型
plink --epistasis 可以分析多分类或者连续性的表型
需要准备
1、将vcf文件转换为ped、map或者bed、bim、fam文件
2、表型文件
具体参考:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/13813946.html
可能会遇到报错:
Error: --epistasis requires at least two cases and two controls.
这可能是因为表型文件和ped文件中的FID与IID没有完全对应,表型文件与ped文件中的FID与IID完全对应之后这个问题就解决了