学术速运|“新生”的孤儿蛋白类似于“从不出生”的蛋白质吗？一项使用三种深度学习算法的研究

​题目：Do “Newly Born” orphan proteins resemble “Never Born” proteins? A study using three deep learning algorithms

文献来源: Proteins. 2023;1–19.

代码：

简介：新生”蛋白，与任何其他蛋白质缺乏可检测的同源性，称为孤儿蛋白，发生在一个单一物种或一个分类限制的基因家族中。它们是由新的开放框架的表达而产生的，并在整个进化过程中出现。作者对三个最近开发的程序预测蛋白质结构，即AlphaFold2，RoseTTAFold，ESMFold是否可以比较的“新生”蛋白质和“从不出生”蛋白质(氨基酸含量与天然蛋白质相似的随机多肽)。这些程序被用来比较两组已经表达过的“永不出生”蛋白的结构:第1组-它们已被实验证明具有实质性的二级结构，和第3组-它们已被证明在本质上是无序的。总的来说，尽管生成的模型被评为低质量的，但它们仍然揭示了一些规律。具体来说，三种算法预测组1的四个成员都很紧凑，与实验数据一致，而组3的成员被预测非常扩展，正如本质上无序的蛋白质一样，同样与实验数据一致。通过比较它们的可达表面积，表明这些预测的差异具有统计学意义。然后用这三个程序来预测三个孤儿蛋白的结构，它们的晶体结构已经被解决，其中两个显示了新的折叠。令人惊讶的是，只有对于没有新折叠的蛋白质，并且在分类上受到限制，而不是真正的孤儿，这三种算法都预测出非常相似、高质量的结构-与晶体结构非常相似。7种具有明确生物学功能的孤儿蛋白的结构被预测，虽然其三维结构尚不清楚。根据其序列预测为无序的两种蛋白质，被所有三种结构算法预测为扩展结构。其他5个被预测为紧凑的结构，而AlphaFold2只有两个例外。这三种预测算法都对线虫的一种大蛋白质HCO_11565做出了非常相似和高质量的预测。据推测，这是由于其所属的分类限制家族中的许多同源物，以及服务器揭示了几个具有相似折叠的非相关蛋白。

主要内容：

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