学术速运|蛋白配体复杂结构预测的模板引导方法：在CASP15蛋白配体研究中的应用

题目：Template-guided method for protein–ligand complex structure prediction: Application to CASP15 protein–ligand studies

文献来源:Proteins. 2023;1–8.

代码：无

简介：CASP15增加了一个新的配体预测类别，以促进蛋白质/rna配体建模方法的发展。该比赛共提供了22个靶点，其中18个蛋白-配体靶点，4个rna-配体靶点。作者将我们最近开发的模板引导方法应用于蛋白质-配体复杂结构的预测。该方法结合了物理化学、分子对接方法和基于生物信息学的配体相似性方法。蛋白质数据库扫描包含目标蛋白、同源蛋白或与目标蛋白具有相似折叠的蛋白质的模板结构。利用模板结构中共结合配体的结合模式来指导靶标的复杂结构预测。CASP评估结果表明，当考虑每个目标的顶级预测模型时，作者的方法的总体性能排名第二。本文详细分析了他们的预测，并讨论了包括蛋白质构象变化、大而灵活的配体和结合袋中的多种不同的配体在内的挑战。

主要内容：

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