【1203】DESeq2安装过程记录

从上周二开始尝试在linux的conda下安装DESeq2，虽然有些问题还是知其然而不知其所以然，但总算是搞定了。

一开始参考的是知乎经验贴（见文末链接），大佬写的非常详细，但我到了library("DESeq2")这一步永远是报错包未安装。下面又尝试了在R内安装，收到大量报错，我试图顺着报错单独安装包，尝试了很多奇奇怪怪的方法却发现有一部分包真的怎么也library不了。

今天正好学校的服务器维护好了，重新考虑是否是环境变量的问题，先把conda环境文件夹下的library复制到bash_profile内。发现这样处理后conda install的包可以library，但conda install -c bioconda命令不行，于是问了下CSDN的AI（笑），运行如下代码：

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda install r-irkernel

（最后一行好像把jupyter notebook也安上了）测试bioconda终于可以正常安装了！遂再次复制知乎佬的安装代码：

conda install -c bioconda bioconductor-deseq2=1.24.0

显示已安装？原来是因为之前没安装进环境的包也被算在内了，卸载之：

conda uninstall -c bioconda bioconductor-deseq2

再运行一遍安装代码，在R内library是还有一个报错：namespace ‘blob’ 1.1.1 is being loaded, but >= 1.2.0 is required，okfine，退出R再conda命令安装r-blob=1.2.0，接下来R同样报错其它包版本不够，哥你能不能一次性报完啊（也向大家请教是否有一次性查看所有不匹配版本包的快捷命令？）。后续补充安装包的命令都出自官网，否则偶尔也会报不兼容的错：

https://anaconda.org/

成功library！快乐了。感恩R开发大佬们，感恩论坛佬的分享、导师的耐心帮助、感恩同门妹妹与我惯例meeting。祝各位下周工作顺利！

前期R版本的选择，XML、data.table的conda安装等命令，详见参考文献：

Linux下conda的安装，以及安装DESeq2 - 知乎