LAMMPS+Ubuntu22.04+CUDA(GPU)+MPI 如何让你的计算机满载运算？

• 提前申明
• lammps版本： LAMMPS（23 Jun 2022 - Update 4）
• Ubuntu版本： Ubuntu 22.04.3 LTS
• 显卡：NVIDIA GeForce GTX 1660 Ti

关于安装并行版LAMMPS在我的上一篇博文

假设已经拥有可以正常计算的mpi并行版 lammps：
安装中要保证cuda版本和nvidia驱动版本一致

安装nvidia驱动

安装nvidia

nvidia-smi
#输出
nvidia-smi command not found
#安装驱动
sudo apt install openssh-server
sudo apt install vim gcc g++ make -y
sudo apt install vim
sudo vim /etc/modprobe.d/blacklist.conf

在blacklist.conf 末尾添加：
blacklist nouveau 
:wq   
#回车 保存退出
输入：
lsmod | grep nouveau
无内容代表成功

重启电脑后在命令行输入：

nvidia-smi
有信息跳出，这时查看

版本为12.2 则cuda也安装12.2

安装cuda：

安装CUDA：
在cuda官网查找与安装的nvidia驱动一致版本的cuda软件，选择ubbuntu对应系统版本
通过官网给出的deb安装方法安装cuda

添加环境变量：
sudo vim ~/.bashrc
i

export PATH=$PATH:/usr/local/cuda-12.2/bin 
(在文件末尾添加）

:wq
source .bashrc
nvcc -V
出现以下信息代表安装成功

配置CUDA

cd lammps-23Jun2022/lib/gpu
vim Makefile.linux
通过vim工具修改以下信息：

不同的显卡型号对应值自己上网查

之后：

sudo make -f Makefile.linux clean
sudo make -f Makefile.linux

安装lammpsGPU package

cd lammps-23Jun2022/src
sudo make clean-all
make package-status  #查看当前已经安装的包）
make yes-gpu    #添加gpu包
sudo make mpi -j

之后至关重要，make之后会生成lmp_mpi文件，把文件粘贴到主目录的bin文件夹下，否则lammps不识别更新的包（前提是使用mipexec -np xx lmp_mpi 命令直接访问运行）

同时lmp_mpi 也要添加到环境变量，且lammps 的环境变量要处于最下面，如下图：

看不清的内容最后是  /bin:$PATH1

保存退出

:wq

lammps 运行命令为：

mpiexec -np xx lmp_mpi -sf gpu -pk gpu 0 -in in.lmp

这里的0代表gpu自动分配， 1代表每个核分配一个

enjoy

Problem

• 问题1：

  lammps 在计算多体势hybrid建模的时候，无法使用gpu加速，目前这个问题仍然没有解决，但是可以在建模阶段跳过gpu加速：

mpiexec -np xx lmp_mpi -sf gpu -pk gpu 0 neigh no -in in.lmp

• 问题2：

  lammps程序中 pair_style 使用 :

• pair_style li/cut/tip4p/long 
  

无法使用gpu加速，显示memroy阻塞，希望了解解决方案的道友共同讨论