R 语言科研绘图第 48 期 --- 热力图-密度

在发表科研论文的过程中，科研绘图是必不可少的，一张好看的图形会是文章很大的加分项。

为了便于使用，本系列文章介绍的所有绘图都已收录到了 sciRplot 项目中，获取方式：

R 语言科研绘图模板 --- sciRplothttps://mp.weixin.qq.com/s/QA_8LVqjkdg4A16zLonw4w?payreadticket=HNDwj04pvJtXIWAkxbaMqWV7SUKcQQFffrYSMZkWr9eBtqIDOi2mEV3Zl0VQDCAkpEQdMBs

本期绘图预览：

 

1. 导入包

 

我们首先导入本期绘图用到的 R 包：

library(ComplexHeatmap)

2. 准备数据

 

接下来我们导入绘图用到的数据，在 sciRplot 中给大家提供了测试数据：

data <- sciRplot_data

查看下数据格式：

 

3. 准备配色

 

颜色的选择往往是一件让人特别纠结的事情，这里我们直接设置配色，也可以使用 sciRcolor 来设置配色：

colors <- c("#5470c6","white","#91cc75")

sciRcolor 是为了 R 语言科研绘图开发的配色工具，包含了 100 种常用配色，详细信息见：

 

R 语言科研配色工具 --- sciRcolorhttps://mp.weixin.qq.com/s/XZol4VxvHnJD_49ij3f2mg?payreadticket=HDhojBWasY87harbKvIR69uCME4YIpzEPahcg3uoN1lGuPPFaOoyBR6gpep24XS8a8DCyI4

4. 绘制图形

 

接下来我们通过下面的代码来绘制图形：

breaks <- seq(-1,1,0.1)p <-   ComplexHeatmap::densityHeatmap(    data, col = colors,     ylab = NULL, column_title = "", show_quantiles=FALSE,    column_names_gp = gpar(fontsize = 15), tick_label_gp = gpar(fontsize = 15),    heatmap_legend_param = list(title = "Density", legend_height = unit(5, "cm"))  )p

5. 保存图形

 

最后我们保存绘制的图形：

png("save/heatmap-density.png", width = 1600, height = 1200, res=300, units = 'px')pdev.off()

 

sciRplot 介绍

为了解决 R 语言中科研绘图的问题，我推出了 sciRplot 项目。sciRplot 项目包含了以下内容：

① 100 种绘图代码，按照图形类型进行分类，包含 60 种基础绘图和 40 种进阶绘图

 

 

② 配备一站式 html文档，包含测试数据，代码一键复制，交互式阅读提高用户体验