需要对bam文件进行处理,于是自己编写程序,调用htslib库中的api。代码是在ubuntu中的vscode进行编译和调试,代码编写完成后,点击启动调试,选择调试环境,这里选择的是GDB/LLDB
。
之后会让你选择配置,选择gcc-生成和调试活动文件
。
会在当前目录下生成
.vscode
文件夹,文件夹内会自动添加task.json
和launch.json
文件,但是会出现报错。
控制台上也会出现错误提示,这是因为未能正确加载htslib库。
需要在
task.json
的agrs
输入参数,添加以下三行。
"-Ihtslib",
"-Lhtslib",
"-lhts"
还需要在launch.json的args中添加需要输入的文件名,之后便可以正常编译调试以及运行了。