seurat gene expression matrix基因表达矩阵数据

最新推荐文章于 2024-06-12 20:43:17 发布
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分类专栏： 生信处理 python R语言 基础/画图等 文章标签： r语言
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Seurat 单细胞转录组 表达矩阵 R包 数据标准化
关键词由CSDN通过智能技术生成

seurat 表达矩阵访问

seurat有个active assay，它其中存的就是表达矩阵，用pbmc[[“RNA”]]@counts就可以访问

数据标准化后的基因表达矩阵放在：pbmc[[“RNA”]]@data

李子树下mini
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专栏目录
seurat提取表达矩阵_单细胞数据分析神器——Seurat
weixin_32943417的博客
12-20 5300
近年来，单细胞技术日益火热，并且有着愈演愈烈的趋势。在2015年至2017年，甚至对某细胞群体或组织进行单细胞测序，解析其细胞成分就能发一篇CNS级别的文章。近两三年，单细胞技术从最开始的基因组，转录组测序，发展成现在的单细胞DNA甲基化，单细胞ATAC-seq等等。测序手段也从早期的10X Genomics、 Drop-seq等，发展为现在的多种多样个性化的方法。研究内容更不仅仅局限于...
GEO数据挖掘构建基因表达矩阵
热门推荐
xiaobai1_1的博客
12-04 2万+
1、GEO数据库介绍 GEO全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。创建于2000年，收录世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据。 GEO上有四类数据GSM, GSE, GDS, GPL 1.GSM是单个样本的实验数据 2.GDS是人工整理好的关于某个话题的GSM的集合，一个GDS中的GSM的平台是一样的 3.GSE是一个...
Spatial_distirbution_gene_expression:在这里，我开发了一个管道，用于基于四个不同的阈值来监视各种Seurat对象中基因表达的空间分布
04-13
Spatial_distirbution_gene_expression 在这里，我开发了一个管道，用于基于四个不同的阈值来监视各种Seurat对象中基因表达的空间分布。 R降价输出 标题：“表达式的TMEM119空间分布”作者：“ Elyas Mohammadi”日期：“ 2021年4月2日”输出：html_document： library(Seurat) library(sctransform) #####Reading in the 10xVisium objects setwd("D:/Poland/PHD/spatial/Second_set/HE_sample/") Directory="D:/Poland/PHD/spatial/Second_set/HE_sample/" HE_sample_2<-Load10X_Spatial(Directory,filename =
单细胞RNA测序（scRNA-seq） 理解Seurat对象存储信息含义和基本操作
最新发布
LittleComputerRobot的博客
06-12 1609
Seurat对象的构建、访问和数据提取等操作，本文对Seurat对象的结构进行深入解读。
基因表达分析（前传）-准备count矩阵
weixin_34129696的博客
06-03 1740
还在利用hisat, tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组（转录组）上，然后统计每个基因的count数么？试试这些不需要比对，速度更快的工具吧。 Salmon(Patro et al. 2016), Sailfish (Patro, Mount, and Kingsford 2014)...
表达矩阵任意两个基因相关性分析 批量相关性分析 tcga geo 矩阵中相关性强的基因对 基因相关性 ecm matrisome与gpx3
生信小博士的博客
10-29 5585
1.已经确定研究的基因，但是想探索他潜在的功能，可以通过跟这个基因表达最相关的基因来反推他的功能，这种方法在英语中称为。2.我们的注释方法依赖于TCGA大样本，既然他可以注释基因，那么任何跟肿瘤相关的基因都可以被注释，包括长链非编码RNA。这时候，我们能推断PDCD1这个基因主要参与T细胞激活，细胞因子受体活性调剂等功能，大致跟她本身的功能是一致的。既然确定了相关性是正确的，那么我们用我们筛选的基因进行富集分析就可以反推这个基因的功能。这里因为是计算的所有GO分析的三个分类，所以可以合并作图。
基因表达矩阵中排除表达量低的样本和基因
lazymark2的博客
06-23 1万+
构建基因表达矩阵的时候，其基因个数和样本个数都会达到成千上万个，这时在做PCA分析或者差异基因分析前最好排除表达量低的样本和基因 #加载相应的安装包 library(tidyverse) #例子如下 gdf <- tibble(g = rnorm(4, 0.5, 0.5), v1 = rnorm(4,1,0.5), v2 = rnorm(4, 1.5, 0.5) gdf <- gdf%>% mutate(v3 = rep(0,4)) gdf Output: # A tibble: 4
scrnaseq_celltype_prediction:根据Seurat FindMarker数据预测集群的细胞类型
04-07
如果您有一个包含每个簇的标记基因的列表（ list(clusterID0=..., clusterID1=...) ），那么获取表达值和兼容数据框的最佳工作流程是：在R / Seurat中运行以下命令生成包含标记基因值和表达数据（代码尚未测试...）...
seurat：用于单细胞基因组学的R工具包
02-23
Seurat是用于单细胞基因组学的R工具包，由NYGC的Satija实验室开发和维护。 说明，文档和教程可在以下位置找到： Seurat也托管在GitHub上，您可以在以下位置查看和克隆存储库 通过使用devtools软件包直接从GitHub...
单细胞数据资源之pbmc3k
03-05
数据集包含了来自健康人类PBMCs的3000个细胞的基因表达矩阵。"filtered_gene_bc_matrices"部分指的是经过过滤后的基因-barcode矩阵，这是scRNA-seq分析的核心输出，其中barcodes对应于细胞，基因对应于行，值表示...
awesome-expression-browser：:smiling_face_with_sunglasses:用于浏览和可视化（浏览）表达数据的精选软件和资源列表list
02-05
【标题】：awesome-expression-browser 是一个集合了众多用于浏览和可视化基因表达数据的优秀软件和资源的列表。这个列表旨在帮助生物信息学家、科研人员以及对基因表达分析感兴趣的人士找到适合自己的工具和平台，...
r语言大作业——基因表达矩阵分析
zhanghongyi_cpp的博客
03-20 453
（1）利用主成分分析（PCA）对基因表达矩阵进行降维，并绘制PCA图。（2）筛选在所有样本中表达值均大于0的所有基因。（3）做聚类分析并绘制基因表达热图。
小白生信入门学习记录【1】什么是基因的表达矩阵
weixin_55419726的博客
02-22 4677
基因的表达矩阵 基因表达的数据通常使用表达矩阵来表示。 其中矩阵的行代表某个基因在不同样本（不同处理，或时间点等）中的表达水平，列表示某个样本中各个基因的表达水平。 欢迎使用Markdown编辑器 你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown编辑器, 可以仔细阅读这篇文章，了解一下Markdown的基本语法知识。 新的改变 我们对Markdown编辑器进行了一些功能拓展与语法支持，除了标准的Markdown编辑器功能，我们增加了如下几点新功能，帮助你
geo差异表达分析_什么，你一定要基于FPKM标准化表达矩阵做单细胞差异分析
weixin_35778603的博客
01-03 8438
学徒和学员已经陆续出师，是时候把生信技能树的舞台交给后辈了！下面是《生信入门第7期》学员的分享最近看到有一个简单的数据挖掘文章，就做了一个单细胞表达矩阵的差异分析，然后强行解释一波。而且使用的是基于FPKM标准化表达矩阵载入seurat包进行分析，就随便使用我们学习班获得的技能复现一下，分享给广大读者。1、概述计算基因长度1.1 单细胞差异分析pipeline1.2 count标准化2、...
关于矩阵表示(matrix-based expression)
Duino的工具箱
10-02 1027
理解matrix-based expression
R语言学习小记——seurat和matrix问题
weixin_64317226的博客
11-27 1万+
可能是因为版本更新问题，最近很多包都会报错，一般选择将包进行降级解决问题。
单细胞分析实录(5): Seurat标准流程
TOP生物信息
01-05 5736
前面我们已经学习了单细胞转录组分析的：使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测，今天我们开始Seurat标准流程的学习。这一部分的内容，网上有很多帖子，基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍，这回我换一个数据集，细胞类型更多，同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧。 1. 导入数据，创建Seurat对象 library(Seurat) library(tidyverse) testdf=read.table("test_20210105.txt",heade
单细胞seurat入门—— 从原始数据到表达矩阵
生信小博士的博客
11-26 3713
根据所使用的建库方法，单细胞的RNA序列（也称为读取（reads）或标签（tags））将从转录本的3'端（或5'端）（10X Genomics，CEL-seq2，Drop-seq，inDrops）或全长转录本（Smart-seq）获得。因此，我们的教程将详细分析这些3'端流程的数据，重点是基于液滴的方法（inDrops，Drop seq，10X Genomics）。建库方法中使用的细胞条码应该是已知的，且未知的条码将会被丢弃，同时允许存在适量与已知细胞条码不匹配的现象。
rnaseq_对表达矩阵进行标准化
qq_46454013的博客
04-02 492
从2023年十月份到现在，做了那么久的转录组分析，从来没有记录一点东西，导致脑子里面的东西越来越乱，所以我把我所做的工作记录一下，供自己以及同行参考。今天我把从表达矩阵到相关性的分析给总结一下，肯定有很多不足的地方，边记录边做，也算是一种学习的过程。
seurat提取细胞表达矩阵
08-30
Seurat是一种用于单细胞RNA测序数据分析的流行软件包，它用于从单细胞测序数据中提取细胞表达矩阵。 首先，Seurat需要一个包含原始单细胞RNA测序数据的文件。这个文件通常是FASTQ格式的测序文件或已经处理过的表达矩阵文件。 然后，Seurat会将测序数据进行预处理，包括质量控制，去除低质量的细胞和基因，以及归一化处理。这一步骤是为了确保数据质量，并减少后续分析的噪音影响。 接下来，Seurat会进行细胞的聚类分析。在这个过程中，它会使用一种称为"鲁棒主成分分析（robust principal component analysis, RPCA）"的方法来识别相似的细胞。它使用PCA技术降维后，使用t-SNE、UMAP等算法将细胞在二维或三维空间中可视化。 完成聚类后，Seurat会计算细胞之间的基因差异，并在相关的细胞类型间寻找具有显著差异的基因。这有助于进一步了解细胞类型之间的差异。 最后，Seurat会生成一个细胞表达矩阵。这个矩阵包含了每个细胞中每个基因的表达数据，可以用来进一步进行单细胞分析，如富集分析、基因调控网络分析等。 综上所述，Seurat对细胞表达矩阵的提取是通过对单细胞RNA测序数据进行预处理、聚类分析和基因差异分析来实现的。这样的细胞表达矩阵可以用于后续的单细胞数据分析和解读。
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