GEO数据挖掘构建基因表达矩阵

1、GEO数据库介绍
GEO全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。创建于2000年，收录世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据。
GEO上有四类数据GSM, GSE, GDS, GPL
1.GSM是单个样本的实验数据
2.GDS是人工整理好的关于某个话题的GSM的集合，一个GDS中的GSM的平台是一样的
3.GSE是一个实验项目中的多个芯片实验，可能使用多个平台
4.GPL是芯片的平台，如Affymetrix， Aglent等

网址入口：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo

2、GEO数据下载
例如：我想找胃癌相关的疾病资料、研究文献，那么可以直接搜索gastric carcinoma

若只想关注人相关的研究，在右方选择——如图：

做基因表达谱构建，我们必须要有这两个文件（如图）
1.GPL探针文件
2.表达矩阵（Series Matrix File）